openfold
New Documentation for Open
Gambar: Perbandingan Prediksi OpenFold dan Alphafold2 dengan Struktur Eksperimental PDB 7KDX, Rantai B.
Reproduksi Pytorch yang setia tetapi dapat dilatih dari Alphafold 2 Deepmind.
Lihat rumah baru kami untuk dokumen di OpenFold.readthedocs.io, dengan instruksi untuk pemasangan dan inferensi/pelatihan model.
Banyak konten dari halaman ini dapat ditemukan di sini.
Sementara Alphafold's dan, dengan ekstensi, kode sumber OpenFold dilisensikan di bawah lisensi Apache permisif, versi 2.0, parameter pretrained DeepMind berada di bawah lisensi CC dengan 4.0, salinannya diunduh ke openfold/resources/params dengan skrip instalasi. Perhatikan bahwa yang terakhir menggantikan lisensi asli CC BY-NC 4.0 yang lebih ketat pada Januari 2022.
Jika Anda mengalami masalah menggunakan OpenFold, jangan ragu untuk membuat masalah! Kami juga menyambut permintaan tarik dari komunitas.
Tolong kutip kertas kami:
@article { Ahdritz2022.11.20.517210 ,
author = { Ahdritz, Gustaf and Bouatta, Nazim and Floristean, Christina and Kadyan, Sachin and Xia, Qinghui and Gerecke, William and O{textquoteright}Donnell, Timothy J and Berenberg, Daniel and Fisk, Ian and Zanichelli, Niccolò and Zhang, Bo and Nowaczynski, Arkadiusz and Wang, Bei and Stepniewska-Dziubinska, Marta M and Zhang, Shang and Ojewole, Adegoke and Guney, Murat Efe and Biderman, Stella and Watkins, Andrew M and Ra, Stephen and Lorenzo, Pablo Ribalta and Nivon, Lucas and Weitzner, Brian and Ban, Yih-En Andrew and Sorger, Peter K and Mostaque, Emad and Zhang, Zhao and Bonneau, Richard and AlQuraishi, Mohammed } ,
title = { {O}pen{F}old: {R}etraining {A}lpha{F}old2 yields new insights into its learning mechanisms and capacity for generalization } ,
elocation-id = { 2022.11.20.517210 } ,
year = { 2022 } ,
doi = { 10.1101/2022.11.20.517210 } ,
publisher = { Cold Spring Harbor Laboratory } ,
URL = { https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.20.517210 } ,
eprint = { https://www.biorxiv.org/content/early/2022/11/22/2022.11.20.517210.full.pdf } ,
journal = { bioRxiv }
}Jika Anda menggunakan OpenProteInset, silakan juga mengutip:
@misc { ahdritz2023openproteinset ,
title = { {O}pen{P}rotein{S}et: {T}raining data for structural biology at scale } ,
author = { Gustaf Ahdritz and Nazim Bouatta and Sachin Kadyan and Lukas Jarosch and Daniel Berenberg and Ian Fisk and Andrew M. Watkins and Stephen Ra and Richard Bonneau and Mohammed AlQuraishi } ,
year = { 2023 } ,
eprint = { 2308.05326 } ,
archivePrefix = { arXiv } ,
primaryClass = { q-bio.BM }
}Pekerjaan apa pun yang mengutip OpenFold juga harus mengutip Alphafold dan Alphafold-multimer jika berlaku.
