openfold
New Documentation for Open
الشكل: مقارنة بين تنبؤات Openfold و Alphafold2 بالهيكل التجريبي لـ PDB 7kdx ، سلسلة B.
استنساخ Pytorch المؤمنين ولكن القابل للتدريب من Alphafold 2.
شاهد منزلنا الجديد للمستندات في Openfold.ReadTheDocs.io ، مع تعليمات للتثبيت والاستدلال/التدريب النموذجي.
يمكن العثور على الكثير من المحتوى من هذه الصفحة هنا.
على الرغم من أن رمز المصدر الخاص بـ alphafold و ، وبالتالي ، يتم ترخيص رمز OpenFold بموجب ترخيص Apache المسموح به ، الإصدار 2.0 ، تندرج معلمات DeepMind المسبقة ضمن ترخيص CC بمقدار 4.0 ، يتم تنزيل نسخة منها إلى openfold/resources/params بواسطة البرنامج النصي للتثبيت. لاحظ أن هذا الأخير يحل محل ترخيص CC By-NC 4.0 الأصلي وأكثر تقييدًا اعتبارًا من يناير 2022.
إذا واجهت مشاكل في استخدام Openfold ، فلا تتردد في إنشاء مشكلة! نرحب أيضًا بطلبات السحب من المجتمع.
يرجى الاستشهاد بالورقة:
@article { Ahdritz2022.11.20.517210 ,
author = { Ahdritz, Gustaf and Bouatta, Nazim and Floristean, Christina and Kadyan, Sachin and Xia, Qinghui and Gerecke, William and O{textquoteright}Donnell, Timothy J and Berenberg, Daniel and Fisk, Ian and Zanichelli, Niccolò and Zhang, Bo and Nowaczynski, Arkadiusz and Wang, Bei and Stepniewska-Dziubinska, Marta M and Zhang, Shang and Ojewole, Adegoke and Guney, Murat Efe and Biderman, Stella and Watkins, Andrew M and Ra, Stephen and Lorenzo, Pablo Ribalta and Nivon, Lucas and Weitzner, Brian and Ban, Yih-En Andrew and Sorger, Peter K and Mostaque, Emad and Zhang, Zhao and Bonneau, Richard and AlQuraishi, Mohammed } ,
title = { {O}pen{F}old: {R}etraining {A}lpha{F}old2 yields new insights into its learning mechanisms and capacity for generalization } ,
elocation-id = { 2022.11.20.517210 } ,
year = { 2022 } ,
doi = { 10.1101/2022.11.20.517210 } ,
publisher = { Cold Spring Harbor Laboratory } ,
URL = { https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.20.517210 } ,
eprint = { https://www.biorxiv.org/content/early/2022/11/22/2022.11.20.517210.full.pdf } ,
journal = { bioRxiv }
}إذا كنت تستخدم OpenProteinset ، فيرجى الاستشهاد أيضًا:
@misc { ahdritz2023openproteinset ,
title = { {O}pen{P}rotein{S}et: {T}raining data for structural biology at scale } ,
author = { Gustaf Ahdritz and Nazim Bouatta and Sachin Kadyan and Lukas Jarosch and Daniel Berenberg and Ian Fisk and Andrew M. Watkins and Stephen Ra and Richard Bonneau and Mohammed AlQuraishi } ,
year = { 2023 } ,
eprint = { 2308.05326 } ,
archivePrefix = { arXiv } ,
primaryClass = { q-bio.BM }
}يجب أن يستشهد أي عمل يتذكر Openfold أيضًا Alphafold و Alphafold-Multimer إن أمكن.
