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ヘッダ 図：PDB 7KDX、Chain Bの実験構造とのオープンフォールドとAlphafold2予測の比較

オープンフォールド

DeepmindのAlphafold 2の忠実であるが訓練可能なPytorchの複製。

ドキュメント

インストールとモデルの推論/トレーニングの指示を含む、openfold.readthedocs.ioのドキュメントの新しい家をご覧ください。

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著作権通知

Alphafoldの、さらにはOpenFoldのソースコードは許容Apacheライセンスバージョン2.0に基づいてライセンスされていますが、DeepMindの前提条件のパラメーターはopenfold/resources/paramsライセンスでCCに該当します。後者は、2022年1月時点で、元の、より制限的なCC BY-NC 4.0ライセンスを置き換えることに注意してください。

貢献

OpenFoldを使用して問題が発生した場合は、お気軽に問題を作成してください！また、コミュニティからのプルリクエストも歓迎します。

この作品を引用しています

私たちの論文を引用してください：

 @article { Ahdritz2022.11.20.517210 ,
	author = { Ahdritz, Gustaf and Bouatta, Nazim and Floristean, Christina and Kadyan, Sachin and Xia, Qinghui and Gerecke, William and O{textquoteright}Donnell, Timothy J and Berenberg, Daniel and Fisk, Ian and Zanichelli, Niccolò and Zhang, Bo and Nowaczynski, Arkadiusz and Wang, Bei and Stepniewska-Dziubinska, Marta M and Zhang, Shang and Ojewole, Adegoke and Guney, Murat Efe and Biderman, Stella and Watkins, Andrew M and Ra, Stephen and Lorenzo, Pablo Ribalta and Nivon, Lucas and Weitzner, Brian and Ban, Yih-En Andrew and Sorger, Peter K and Mostaque, Emad and Zhang, Zhao and Bonneau, Richard and AlQuraishi, Mohammed } ,
	title = { {O}pen{F}old: {R}etraining {A}lpha{F}old2 yields new insights into its learning mechanisms and capacity for generalization } ,
	elocation-id = { 2022.11.20.517210 } ,
	year = { 2022 } ,
	doi = { 10.1101/2022.11.20.517210 } ,
	publisher = { Cold Spring Harbor Laboratory } ,
	URL = { https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.11.20.517210 } ,
	eprint = { https://www.biorxiv.org/content/early/2022/11/22/2022.11.20.517210.full.pdf } ,
	journal = { bioRxiv }
}

OpenProteSetsを使用する場合は、引用してください。

 @misc { ahdritz2023openproteinset ,
      title = { {O}pen{P}rotein{S}et: {T}raining data for structural biology at scale } , 
      author = { Gustaf Ahdritz and Nazim Bouatta and Sachin Kadyan and Lukas Jarosch and Daniel Berenberg and Ian Fisk and Andrew M. Watkins and Stephen Ra and Richard Bonneau and Mohammed AlQuraishi } ,
      year = { 2023 } ,
      eprint = { 2308.05326 } ,
      archivePrefix = { arXiv } ,
      primaryClass = { q-bio.BM }
}