MRHCA

Mrhca

MRHCA-это непараметрический метод анализа коэкспрессии для крупной сети ассоциации:

1. Это может быть в целом применяться к сети ассоциации большинства методов оценки;
2. Он выводит точный уровень значимости для каждого идентифицированного концентратора и модуля;
3. Метод с относительно небольшим вычислительным и потреблением памяти, следовательно, может быть применен к крупным сетям ассоциации;
4. Он чувствителен к модулям слабых ассоциаций; и
5. Он позволяет перекрываемым модулям в своих выходах.

Наш анализ продемонстрировал MRHCA CAN

1. иметь дело с крупными сети ассоциации,
2. строго оценить статистическую значимость для центров и размеров модулей,
3. Определить модули коэкспрессии с низкими ассоциациями,
4. обнаружить небольшие и значимые модули и
5. Разрешить присутствовать гены в нескольких модулях по сравнению с существующими методами.

Ссылка на соответствующие коды

Ссылка на коды R и C ++, которые могут воспроизводить результат «MRHCA: непараметрический метод, основанный на статистике для идентификации модуля HUB и коэкспрессии в крупной генной сети коэкспрессии».

• R коды
• C ++ коды

R Установка пакета

Чтобы установить разработку версии MRHCA, вам нужно будет установить хотя бы следующие пакеты из Cran

install.packages( " Rcpp " )

Для пользователей Windows Rtools (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/) также должен быть установлен.

Затем,

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

R Использование пакета

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

Исправить результаты версии C ++

Если вы уже получили результаты из кодов C ++, вы можете дополнительно использовать функцию FixHubs для фильтрации и оптимизации результатов.

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )