MRHCA

MRHCA

MRHCA est une méthode d'analyse de co-expression non paramétrique pour un réseau d'association grand:

1. Il peut être généralement appliqué aux réseaux d'association de la plupart des méthodes d'évaluation;
2. Il étend un niveau de signification exact pour chaque concentrateur et module identifié;
3. La méthode est avec une consommation de calcul et de mémoire relativement faible, peut donc être appliquée aux grands réseaux d'association;
4. Il est sensible aux modules des associations faibles; et
5. Il permet des modules superposés dans ses sorties.

Notre analyse a démontré que MRHCA peut

1. traiter avec de grands réseaux d'association,
2. évaluer rigoureusement la signification statistique pour les hubs et les tailles de modules,
3. Identifier les modules de co-expression avec de faibles associations,
4. détecter les modules petits et significatifs, et
5. Permettez aux gènes d'être présents dans plusieurs modules par rapport aux méthodes existantes.

Lien vers les codes connexes

Le lien vers les codes R et C ++ qui pourraient reproduire le résultat de "MRHCA: une méthode basée sur les statistiques non paramétriques pour l'identification des modules du HUB et de la co-expression dans le réseau de co-expression de grands gènes".

• Rodes R
• Codes C ++

Installation du package R

Pour installer la version de développement de MRHCA, vous devrez installer au moins les packages suivants de Cran

install.packages( " Rcpp " )

Pour les utilisateurs de Windows, RTools (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/) doit également être installé.

Alors,

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

R Utilisation du package

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

Corrigez les résultats de la version C ++

Si vous avez déjà obtenu les résultats des codes C ++, vous pouvez en outre utiliser la fonction FixHubs pour filtrer et optimiser les résultats.

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )