MRHCA

MRHCA

MRHCA ist eine nichtparametrische Koexpressionsanalysemethode für ein großes Verbandsnetzwerk:

1. Es kann im Allgemeinen auf Assoziationsnetzwerke der meisten Bewertungsmethoden angewendet werden.
2. Es gibt für jeden identifizierten Hub und Modul einen genauen Signifikanzniveau aus.
3. Die Methode ist mit relativ kleinem Rechen- und Speicherverbrauch und kann daher auf große Assoziationsnetzwerke angewendet werden.
4. Es ist empfindlich gegenüber den Modulen schwacher Assoziationen; Und
5. Es ermöglicht überlappende Module in seinen Ausgängen.

Unsere Analyse hat gezeigt, dass MRHCA kann

1. mit großen Verbandsnetzwerken umgehen,
2. statistische Signifikanz für Hubs und Modulgrößen streng bewerten,
3. Koexpressionsmodule mit niedrigen Assoziationen identifizieren,
4. kleine und bedeutende Module erkennen und
5. Ermöglichen Sie, dass Gene in mehr als einem Modulen im Vergleich zu vorhandenen Methoden vorhanden sind.

Link zu den zugehörigen Codes

Die Verbindung zu R- und C ++-Codes, die das Ergebnis von "MRHCA: Eine nichtparametrische statistikbasierte Methode zur Identifizierung von Hub- und Co-Expressionsmodul-Identifikation im Coexpressionsnetzwerk mit großem Gen reproduzieren könnten.

• R Codes
• C ++ - Codes

R -Paketinstallation

Um die Entwicklungsversion von MRHCA zu installieren, müssen Sie mindestens die folgenden Pakete von Cran installieren

install.packages( " Rcpp " )

Für Windows-Benutzer sollten auch RTOOLS (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/) installiert werden.

Dann,

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

R -Paketnutzung

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

Beheben Sie die Ergebnisse aus der C ++ - Version

Wenn Sie die Ergebnisse aus den C ++ - Codes bereits erhalten haben, können Sie die Funktion FixHubs weiter verwenden, um die Ergebnisse zu filtern und zu optimieren.

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )