MRHCA

Mrhca

MRHCA adalah metode analisis ko-ekspresi non-parametrik untuk jaringan asosiasi besar:

1. Ini dapat diterapkan secara umum pada jaringan asosiasi dari sebagian besar metode penilaian;
2. Ini menghasilkan tingkat signifikansi yang tepat untuk setiap hub dan modul yang diidentifikasi;
3. Metode ini dengan konsumsi komputasi dan memori yang relatif kecil, karenanya dapat diterapkan pada jaringan asosiasi yang besar;
4. itu peka terhadap modul asosiasi yang lemah; Dan
5. Ini memungkinkan modul yang tumpang tindih dalam outputnya.

Analisis kami telah menunjukkan MRHCA Can

1. berurusan dengan jaringan asosiasi besar,
2. menilai signifikansi statistik secara ketat untuk ukuran hub dan modul,
3. Identifikasi modul co-ekspresi dengan asosiasi rendah,
4. mendeteksi modul kecil dan signifikan, dan
5. Biarkan gen hadir dalam lebih dari satu modul, dibandingkan dengan metode yang ada.

Tautan ke kode terkait

Tautan ke kode R dan C ++ yang dapat mereproduksi hasil "MRHCA: metode berbasis statistik nonparametrik untuk identifikasi modul hub dan co-ekspresi dalam jaringan ko-ekspresi gen besar".

• Kode R.
• Kode C ++

R Instalasi Paket R.

Untuk menginstal versi pengembangan MRHCA, Anda harus menginstal setidaknya paket berikut dari CRAN

install.packages( " Rcpp " )

Untuk pengguna Windows, RTools (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/) juga harus diinstal.

Kemudian,

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

R Penggunaan Paket R.

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

Perbaiki hasil dari versi C ++

Jika Anda telah memperoleh hasil dari kode C ++, Anda dapat menggunakan fungsi FixHubs lebih lanjut untuk memfilter dan mengoptimalkan hasilnya.

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )