الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

MRHCA

MRHCA هي طريقة تحليل التعبير المشترك غير البارامترية لشبكة الارتباط الكبيرة:

  1. يمكن تطبيقه بشكل عام على شبكات الارتباط لمعظم أساليب التقييم ؛
  2. يخرج مستوى الأهمية الدقيقة لكل مركز محدد ووحدة.
  3. هذه الطريقة مع الاستهلاك الحسابي والذاكرة صغير نسبيا ، وبالتالي يمكن تطبيقها على شبكات الارتباط الكبيرة ؛
  4. إنه حساس لوحدات الارتباطات الضعيفة ؛ و
  5. أنها تمكن الوحدات النمطية المتداخلة في مخرجاتها.

لقد أظهر تحليلنا Can MRHCA

  1. التعامل مع شبكات الجمعيات الكبيرة ،
  2. تقييم بدقة الأهمية الإحصائية لأحجام المراكز وأحجام الوحدات النمطية ،
  3. تحديد وحدات التعبير المشترك مع الارتباطات المنخفضة ،
  4. اكتشاف وحدات صغيرة وهامة ، و
  5. السماح للجينات أن تكون موجودة في أكثر من وحدات واحدة ، مقارنة بالطرق الحالية.

رابط إلى الرموز ذات الصلة

الرابط إلى رموز R و C ++ التي يمكن أن تتكاثر نتيجة "MRHCA: طريقة قائمة على الإحصاءات اللامعلمية لتحديد HUB وتحديد وحدة التعبير المشترك في شبكة التعبير المشترك للجينات الكبيرة".

  • رموز R.
  • رموز C ++

R تثبيت حزمة

لتثبيت إصدار تطوير MRHCA ، ستحتاج إلى تثبيت الحزم التالية على الأقل من Cran 

install.packages( " Rcpp " )

بالنسبة لمستخدمي Windows ، يجب أيضًا تثبيت Rtools (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/).

ثم، 

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

R حزمة استخدام 

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

إصلاح النتائج من إصدار C ++

إذا كنت قد حصلت بالفعل على نتائج رموز C ++ ، فيمكنك زيادة استخدام وظيفة FixHubs لتصفية النتائج وتحسينها. 

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل