MRHCA

Mrhca

MRHCA es un método de análisis de coexpresión no paramétrico para una red de gran asociación:

1. Generalmente se puede aplicar a las redes de asociación de la mayoría de los métodos de evaluación;
2. emite un nivel de significancia exacto para cada centro y módulo identificados;
3. El método es con un consumo computacional y de memoria relativamente pequeño, por lo tanto, se puede aplicar a redes de gran asociación;
4. Es sensible a los módulos de asociaciones débiles; y
5. Habilita módulos superpuestos en sus salidas.

Nuestro análisis ha demostrado que MRHCA puede

1. tratar con redes de gran asociación,
2. Evaluar rigurosamente la importancia estadística para los centros y los tamaños de módulos,
3. Identificar módulos de coexpresión con bajas asociaciones,
4. detectar módulos pequeños y significativos, y
5. Permita que los genes estén presentes en más de un módulos, en comparación con los métodos existentes.

Enlace a los códigos relacionados

El enlace a los códigos R y C ++ que podrían reproducir el resultado de "MRHCA: un método basado en estadísticas no paramétricas para la identificación del módulo HUB y de coexpresión en la red de coexpresión de genes grandes".

• Códigos R
• Códigos C ++

Instalación del paquete R

Para instalar la versión de desarrollo de MRHCA, deberá instalar al menos los siguientes paquetes de CRAN

install.packages( " Rcpp " )

Para los usuarios de Windows, también se debe instalar RTools (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/).

Entonces,

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

Uso del paquete R

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

Arregle los resultados de la versión C ++

Si ya ha obtenido los resultados de los códigos C ++, puede usar aún más la función FixHubs para filtrar y optimizar los resultados.

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )