MRHCA

MRHCA

O MRHCA é um método de análise de co-expressão não paramétrico para uma rede de associação de grande porte:

1. Geralmente pode ser aplicado às redes de associação da maioria dos métodos de avaliação;
2. Ele gera o nível de significância exato para cada hub e módulo identificados;
3. O método é com consumo computacional e de memória relativamente pequeno, portanto, pode ser aplicado a grandes redes de associação;
4. É sensível aos módulos de associações fracas; e
5. Ele permite módulos sobrepostos em suas saídas.

Nossa análise demonstrou que o MRHCA pode

1. lidar com grandes redes de associação,
2. avaliar rigorosamente significância estatística para hubs e tamanhos de módulos,
3. Identifique módulos de co-expressão com baixas associações,
4. detectar módulos pequenos e significativos, e
5. Permita que os genes estejam presentes em mais de um módulo, em comparação com os métodos existentes.

Link para os códigos relacionados

O link para os códigos R e C ++ que poderiam reproduzir o resultado de "MRHCA: um método baseado em estatísticas não paramétricas para identificação de hub e co-expressão do módulo na rede de co-expressão de grandes genes".

• R Códigos
• Códigos C ++

R Instalação do pacote

Para instalar a versão de desenvolvimento do MRHCA, você precisará instalar pelo menos os seguintes pacotes de Cran

install.packages( " Rcpp " )

Para usuários do Windows, o Rtools (https://cran.r-project.org/bin/windows/rtools/) também deve ser instalado.

Então,

install.packages( " devtools " )
devtools :: install_github( " zy26/MRHCA " )

R Uso do pacote

 file <- " https://github.com/zy26/mrct/raw/master/testdata/E_coli_anaerobic.txt "
x <- as.matrix(read.table( file , sep = ' ' , header = TRUE , row.names = 1 ))
mr <- MRHCA :: GetHubs( x )

Corrija os resultados da versão C ++

Se você já obteve os resultados dos códigos C ++, pode usar ainda a função FixHubs para filtrar e otimizar os resultados.

 datafile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv "
file <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.id.txt "
emfile <- " TCGA-COAD.htseq_fpkm.tsv.txt "
mr <- MRHCA :: FixHubs( datafile , file , emfile )