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hh suite

C/C++

v3.3.0

下載

HH-Suite3用於敏感序列搜索

（c）約翰內斯·塞德（Johannes Soeding

HH-Suite是基於隱藏Markov模型（HMMS）的成對對準敏感蛋白質序列搜索的開源軟件包。

文件

我們為廣泛的用戶指南提供了許多用法示例，經常詢問的問題和指南，以構建您自己的數據庫。

安裝

HH-Suite3也可以通過下載靜態編譯的版本Conda或Docker來安裝。 HH-Suite3需要一個64位系統（使用uname -a | grep x86_64檢查）。在AMD/Intel CPU上，至少需要支持SSE2指令集（通過Linux或sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2 MacOS上的cat /proc/cpuinfo | grep sse2檢查cat/proc/proc/cpuinfo | grep sse2）。與SSE2相比， AVX2大約快2倍。 HH-Suite3還可以使用ARM64和PPC64LE CPU的Linux系統。可以在MMSEQS.com/hhsuite上找到所有支持系統的預編譯二進製文件。

 # install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite 
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

❗僅自編譯的HH-Suite3版本包括MPI支持，因為MPI配置特定於本地環境。

可用數據庫

HH-Suite的可用數據庫列表3：

Uniclust30 [Pub]
BFD（由25億，主要是環境，蛋白質序列組成）[PUB]
PFAM/SCOP/PDB70/DBCAN

還要檢查MPI生物信息學工具包[PUB]維護的數據庫（COG/ECOG/CD/...）。

彙編

要從源中編譯，您將需要最近的C/C ++編譯器（至少GCC 4.8或Clang 3.6）和CMake 2.8.12或更高版本。

要下載源代碼並編譯HH-Suite執行以下命令：

 git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

❗要在MacOS上編譯HH-Suite3，請先從Homebrew中安裝gcc編譯器。默認的MacOS clang編譯器不支持OpenMP，而HH-Suite3只能使用一個線程。然後用以下一個替換上面的cmake調用：

 CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..

用法

要執行HHBLIT的單個搜索迭代，請使用以下命令運行HHBLIT：

 hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>

用於產生同源序列的對齊：

 hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>

可以通過使用-h參數運行HHBLIT來獲得HHBlits選項的詳細列表。

參考

Steinegger M，Meier M，Mirdita M，VöhringerH，Haunsberger SJ和SödingJ（2019）HH-Suite3用於快速遠程同源性檢測和深度蛋白質註釋， BMC BioInformatics ，473。doi：10.1186/s1286/s12859-59-59-019-3019-30-3019-73