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hh suite

C/C++

v3.3.0

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HH-Suite3用于敏感序列搜索

（c）约翰内斯·塞德（Johannes Soeding

HH-Suite是基于隐藏Markov模型（HMMS）的成对对准敏感蛋白质序列搜索的开源软件包。

文档

我们为广泛的用户指南提供了许多用法示例，经常询问的问题和指南，以构建您自己的数据库。

安装

HH-Suite3也可以通过下载静态编译的版本Conda或Docker来安装。 HH-Suite3需要一个64位系统（使用uname -a | grep x86_64检查）。在AMD/Intel CPU上，至少需要支持SSE2指令集（通过Linux或sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2 MacOS上的cat /proc/cpuinfo | grep sse2检查cat/proc/proc/cpuinfo | grep sse2）。与SSE2相比， AVX2大约快2倍。 HH-Suite3还可以使用ARM64和PPC64LE CPU的Linux系统。可以在MMSEQS.com/hhsuite上找到所有支持系统的预编译二进制文件。

 # install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite 
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

❗仅自编译的HH-Suite3版本包括MPI支持，因为MPI配置特定于本地环境。

可用数据库

HH-Suite的可用数据库列表3：

Uniclust30 [Pub]
BFD（由25亿，主要是环境，蛋白质序列组成）[PUB]
PFAM/SCOP/PDB70/DBCAN

还要检查MPI生物信息学工具包[PUB]维护的数据库（COG/ECOG/CD/...）。

汇编

要从源中编译，您将需要最近的C/C ++编译器（至少GCC 4.8或Clang 3.6）和CMake 2.8.12或更高版本。

要下载源代码并编译HH-Suite执行以下命令：

 git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

❗要在MacOS上编译HH-Suite3，请先从Homebrew中安装gcc编译器。默认的MacOS clang编译器不支持OpenMP，而HH-Suite3只能使用一个线程。然后用以下一个替换上面的cmake调用：

 CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..

用法

要执行HHBLIT的单个搜索迭代，请使用以下命令运行HHBLIT：

 hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>

用于产生同源序列的对齐：

 hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>

可以通过使用-h参数运行HHBLIT来获得HHBlits选项的详细列表。

参考

Steinegger M，Meier M，Mirdita M，VöhringerH，Haunsberger SJ和SödingJ（2019）HH-Suite3用于快速远程同源性检测和深度蛋白质注释， BMC BioInformatics ，473。doi：10.1186/s1286/s12859-59-59-019-3019-30-3019-73