hh suite
v3.3.0
(C) Johannes Soeding, Markus Meier, Martin Steinegger, Milot Mirdita, Michael Remmert, Andreas Hauser, Andreas Biegert
HH-suite adalah paket perangkat lunak sumber terbuka untuk pencarian urutan protein sensitif berdasarkan perataan berpasangan dari model Markov tersembunyi (HMM).
Kami memberikan panduan pengguna yang luas dengan banyak contoh penggunaan, pertanyaan dan panduan yang sering diajukan untuk membangun database Anda sendiri.
HH-Suite3 juga dapat diinstal dengan mengunduh versi yang dikompilasi secara statis, Conda atau Docker. HH-suite3 membutuhkan sistem 64-bit (periksa dengan uname -a | grep x86_64 ). Pada AMD/Intel CPU itu membutuhkan setidaknya dukungan untuk set instruksi SSE2 (periksa dengan mengeksekusi cat /proc/cpuinfo | grep sse2 di Linux atau sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2 pada macOS). AVX2 kira -kira 2x lebih cepat dibandingkan dengan SSE2. HH-Suite3 juga bekerja pada sistem Linux dengan CPU ARM64 dan PPC64LE. Binari yang dikompilasi untuk semua sistem yang didukung dapat ditemukan di mmseqs.com/hhsuite.
# install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗ Hanya versi HH-Suite3 yang dikompilasi sendiri termasuk dukungan MPI, karena konfigurasi MPI khusus untuk lingkungan lokal.
Daftar database yang tersedia untuk HH-suite3:
Periksa juga database (COG/ECOG/CD/...) yang dikelola oleh MPI Bioinformatics Toolkit [pub].
Untuk mengkompilasi dari sumber, Anda akan memerlukan kompiler C/C ++ terbaru (setidaknya GCC 4.8 atau Clang 3.6) dan CMake 2.8.12 atau lebih baru.
Untuk mengunduh kode sumber dan mengkompilasi HH-suite mengeksekusi perintah berikut:
git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗ Untuk mengkompilasi HH-suite3 pada macOS, pertama instal kompiler gcc dari homebrew. Kompiler clang MacOS default tidak mendukung OpenMP dan HH-Suite3 hanya akan dapat menggunakan satu utas. Kemudian ganti panggilan cmake di atas dengan yang berikut:
CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
Untuk melakukan satu iterasi pencarian HHBlits, jalankan HHBlits dengan perintah berikut:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>
Untuk menghasilkan keselarasan urutan homolog:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>
Daftar opsi terperinci untuk HHBlits tersedia dengan menjalankan HHBlits dengan parameter -h .
Steinegger M, Meier M, Mirdita M, Vöhringer H, Haunsberger SJ, dan Söding J (2019) HH-suite3 untuk deteksi homologi jarak jauh dan anotasi protein dalam, BMC Bioinformatics , 473. DOI: 10.1186/s12859-0191, 47391919: 10.1186/s12859-01919191919191919191919
