hh suite
v3.3.0
(В) Йоханнес Соединг, Маркус Мейер, Мартин Стейнггер, Милот Мирдита, Майкл Реммерт, Андреас Хаузер, Андреас Бигерт
HH-Suite-это программный пакет с открытым исходным кодом для чувствительного поиска последовательностей белка, основанного на парном выравнивании скрытых моделей Маркова (HMMS).
Мы предоставляем обширное руководство пользователя со многими примерами использования, часто задаваемыми вопросами и руководствами для создания собственных баз данных.
HH-Suite3 также можно установить, загрузив статически скомпилированную версию, Conda или Docker. HH-Suite3 требует 64-битной системы (проверьте с uname -a | grep x86_64 ). На процессорах AMD/Intel требуется, по крайней мере, поддержка набора инструкций SSE2 (проверка, выполнив cat /proc/cpuinfo | grep sse2 на Linux или sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2 на MACOS). AVX2 примерно в 2 раза быстрее по сравнению с SSE2. HH-Suite3 также работает в Linux Systems с процессорами ARM64 и PPC64LE. Предварительные двоичные файлы для всех поддерживаемых систем можно найти на mmseqs.com/hhsuite.
# install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗ Только версия HH-SUITE3, которая включает в себя поддержку MPI, включает в себя поддержку MPI, поскольку конфигурация MPI специфична для локальной среды.
Список доступной базы данных для HH-Suite3:
Также проверьте базы данных (COG/ECOG/CD/...), поддерживаемые MPI Bioinformatics Toolkit [Pub].
Для компиляции из источника вам понадобится недавний компилятор C/C ++ (по крайней мере GCC 4.8 или Clang 3.6) и Cmake 2.8.12 или более поздней.
Чтобы загрузить исходный код и составить HH-Suite выполнить следующие команды:
git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗ Для компиляции HH-Suite3 на macOS сначала установите компилятор gcc от Homebrew. Компилятор MacOS clang по умолчанию не поддерживает OpenMP, а HH-Suite3 сможет использовать только один поток. Затем замените вызов cmake выше следующим:
CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
Для выполнения единого поискового идентификации HHBLITS запустите HHBLITS со следующей командой:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>
Для создания выравнивания гомологичных последовательностей:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>
Подробный список вариантов для HHBLITS доступен путем запуска HHBLITS с параметром -h .
Steinegger M, Meier M, Mirdita M, Vöhringer H, Haunsberger SJ и Söding J (2019). HH-Suite3 для быстрого обнаружения гомологии и глубокого белка, BMC Bioinformatics , 473. DOI: 10.1186/S12859-019-3019-7.
