hh suite
v3.3.0
(ج) يوهانس سوتنغ ، ماركوس ماير ، مارتن شتاينجر ، ميلوت ميردتا ، مايكل ريممرت ، أندرياس هاوسر ، أندرياس بيجرت
HH-Suite عبارة عن حزمة برامج مفتوحة المصدر لتسلسل البروتين الحساسة للبحث عن المحاذاة الزوجية لنماذج Markov المخفية (HMMS).
نحن نقدم دليل مستخدم واسع النطاق مع العديد من أمثلة الاستخدام ، والأسئلة والأدلة التي يتم طرحها بشكل متكرر لإنشاء قواعد البيانات الخاصة بك.
يمكن أيضًا تثبيت HH-Suite3 عن طريق تنزيل نسخة مترجمة بشكل ثابت أو Conda أو Docker. يتطلب HH-Suite3 نظامًا 64 بت (تحقق مع uname -a | grep x86_64 ). على وحدة المعالجة المركزية AMD/Intel ، يتطلب على الأقل دعمًا لمجموعة تعليمات SSE2 (تحقق من خلال تنفيذ cat /proc/cpuinfo | grep sse2 على Linux أو sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2 على macos). AVX2 هو حوالي 2x أسرع مقارنة مع SSE2. يعمل HH-Suite3 أيضًا على أنظمة Linux مع CPUs ARM64 و PPC64LE. يمكن العثور على الثنائيات المسبقة لجميع الأنظمة المدعومة على mmseqs.com/hhsuite.
# install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗ فقط إصدار HH-Suite3 الذي ينقذ ذاتيًا يتضمن دعم MPI ، نظرًا لأن تكوين MPI خاص بالبيئة المحلية.
قائمة قاعدة البيانات المتاحة لـ HH-Suite3:
قم أيضًا بالاطلاع على قواعد البيانات (COG/ECOG/CD/...) التي يتم الحفاظ عليها بواسطة مجموعة أدوات MPI BioInformatics [Pub].
لتجميع من المصدر ، ستحتاج إلى برنامج التحويل البرمجي C/C ++ حديثًا (على الأقل GCC 4.8 أو Clang 3.6) و Cmake 2.8.12 أو أحدث.
لتنزيل رمز المصدر وتجميع HH-Suite تنفيذ الأوامر التالية:
git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗ لتجميع HH-Suite3 على MacOS ، قم أولاً بتثبيت برنامج التحويل البرمجي من gcc من Homebrew. لا يدعم برنامج clang MACOS الافتراضي OpenMP و HH-Suite3 فقط قادر على استخدام مؤشر ترابط واحد. ثم استبدل استدعاء cmake أعلاه مع ما يلي:
CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
لأداء تكرار بحث واحد لـ HHBLITS ، قم بتشغيل HHBLITS مع الأمر التالي:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>
لتوليد محاذاة التسلسلات المتماثلة:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>
تتوفر قائمة مفصلة من الخيارات لـ HHBLITS عن طريق تشغيل HHBLITS باستخدام المعلمة -h .
Steinegger M ، Meier M ، Mirdita M ، Vöhringer H ، Haunsberger SJ ، و Söding J (2019) HH-Suite3 للكشف عن التماثل السريع والبروتين العميق ، معلومات BMC الحيوية ، 473.
