hh suite
v3.3.0
(c) Johannes Soeding, Markus Meier, Martin Steinegger, Milot Mirdita, Michael Remmert, Andreas Hauser, Andreas Biegert
HH-Suite เป็นแพ็คเกจซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ซสำหรับการค้นหาลำดับโปรตีนที่ละเอียดอ่อนตามการจัดตำแหน่งแบบคู่ของรุ่น Markov ที่ซ่อนอยู่ (HMMs)
เราให้คำแนะนำผู้ใช้ที่กว้างขวางพร้อมตัวอย่างการใช้งานมากมายคำถามและคำแนะนำที่พบบ่อยเพื่อสร้างฐานข้อมูลของคุณเอง
HH-Suite3 ยังสามารถติดตั้งได้โดยการดาวน์โหลดเวอร์ชันที่รวบรวมแบบคงที่ Conda หรือ Docker HH-SUITE3 ต้องการระบบ 64 บิต (ตรวจสอบกับ uname -a | grep x86_64 ) บน AMD/Intel CPU อย่างน้อยก็ต้องรองรับชุดคำสั่ง SSE2 (ตรวจสอบโดยดำเนินการ cat /proc/cpuinfo | grep sse2 บน Linux หรือ sysctl -a | grep machdep.cpu.features | grep SSE2 บน MacOS) AVX2 เร็วกว่า 2x เมื่อเทียบกับ SSE2 HH-SUITE3 ยังทำงานบนระบบ Linux ด้วย CPU ของ ARM64 และ PPC64LE ไบนารีที่คอมไพล์ล่วงหน้าสำหรับระบบที่รองรับทั้งหมดสามารถดูได้ที่ mmseqs.com/hhsuite
# install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗เฉพาะรุ่น HH-SUITE3 ที่คอมไพล์ด้วยตนเองเท่านั้นที่มีการสนับสนุน MPI เนื่องจากการกำหนดค่า MPI นั้นเฉพาะเจาะจงกับสภาพแวดล้อมในท้องถิ่น
รายการฐานข้อมูลที่มีอยู่สำหรับ HH-Suite3:
เช็คเอาท์ฐานข้อมูล (COG/ECOG/CD/... ) ดูแลโดย MPI Bioinformatics Toolkit [PUB]
ในการรวบรวมจากแหล่งที่มาคุณจะต้องมีคอมไพเลอร์ C/C ++ ล่าสุด (อย่างน้อย GCC 4.8 หรือ Clang 3.6) และ CMake 2.8.12 หรือใหม่กว่า
ในการดาวน์โหลดซอร์สโค้ดและรวบรวม HH-Suite ดำเนินการคำสั่งต่อไปนี้:
git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
❗เพื่อรวบรวม HH-Suite3 บน MacOS ให้ติดตั้งคอมไพเลอร์ gcc จาก Homebrew คอมไพเลอร์ MacOS clang เริ่มต้นไม่รองรับ OpenMP และ HH-SUITE3 จะสามารถใช้เธรดเดียวเท่านั้น จากนั้นแทนที่การโทร cmake ด้านบนด้วยรายการต่อไปนี้:
CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
สำหรับการดำเนินการค้นหาซ้ำครั้งเดียวของ hhblits ให้เรียกใช้ hhblits ด้วยคำสั่งต่อไปนี้:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>
สำหรับการสร้างลำดับของลำดับที่คล้ายคลึงกัน:
hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>
รายการตัวเลือกโดยละเอียดสำหรับ HHBLITS มีให้โดยใช้ HHBLITS ด้วยพารามิเตอร์ -h
Steinegger M, Meier M , Mirdita M, Vöhringer H, Haunsberger SJ และSöding J (2019) HH-Suite3 สำหรับการตรวจจับ homology ระยะไกลอย่างรวดเร็ว
