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树状图查看器

树状图查看器网络应用程序

树状图查看器是用JavaScript编写的开源交互式Web应用程序，允许可视化树状图，这是用来说明由层次群集（HC）算法产生的簇排列的树图。 D3.js用作树状图可视化的基础。

该应用程序允许对不同数量的簇和不同的差异 /距离进行交互式可视化。它还具有多种视觉选项，例如树状图调色板选择，垂直布局，查看群集标签等。

树状图查看器是MIT许可证的开源，可免费提供商业用途。

源存储库：https：//github.com/pedrodbs/dendrogramviewer

依赖性
用法
参见

依赖性

D3.JS树状图布局基于本文中的说明：

如何使用D3库制作树状图

此外，应用程序中使用以下JavaScript软件包：

D3.js（v3），用于树状图布局可视化
jscolor彩色选择器（v2.0.5），用于背景颜色选择
调色板生成器，用于树突图调色板选择
SVG Crowbar（V2，修改为不导出样式，因此减小文件大小），用于树状图导出到SVG图像文件

用法

您可以git clone树状图查看器源代码，然后在Web浏览器中打开index.html文件（建议使用firefox使用firefox以获得更好的结果）。

JSON树状图文件定义

JSON文件格式是D3.js使用的标准格式的修改版本，以使大型聚类文件更加紧凑。每个群集由一个节点对象表示：

属性n保存集群的名称或ID；
属性d是由HC算法找到和创建的差异/距离；
属性c是包含创建集群的父母 /子女的列表。

例如，通过使用aglomera.net框架将数据集聚集在[Kaufman＆Rousseeuw，1990年]中，从而产生以下JSON：

{
  "n" : " (1;4;5;2;3;6;7) " , "d" : 5.5 ,
  "c" : [
    { "n" : " (2;3;6;7) " , "d" : 2.05 ,
      "c" : [
        {
          "n" : " (2;3;6) " , "d" : 1.9 ,
          "c" : [
            {
              "n" : " (2;3) " , "d" : 1.12 ,
              "c" : [
                { "n" : " (3) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
                { "n" : " (2) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
            { "n" : " (6) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (7) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    },
    { "n" : " (1;4;5) " , "d" : 1.5 ,
      "c" : [
        { "n" : " (1;4) " , "d" : 0.71 ,
          "c" : [
            { "n" : " (4) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
            { "n" : " (1) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (5) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    } ]
}

加载文件

该应用程序会自动从examples文件夹加载默认的JSON文件。手动文件选择可以通过两种方式实现：

通过在URL中使用file参数，例如file:///index.html?file=examples/iris.json;
通过单击Load...按钮并选择所需的文件。

树状图查看器UI

相互作用

通过切换Zoom & drag: Check-Box来支持树状图元素的缩放（鼠标滚动）和拖动（鼠标单击和拖动）。
更改Num. clusters滑块将允许可视化相应大小的群集集。通过具有相同的节点和链接颜色来可视化特定集群中的实例。选择1值将显示一个包含所有实例的单个群集，即具有相同的颜色。
更改Dist. threshold滑块将允许算法在相应的差异 /距离处发现的群集集的可视化。选择一个值为0的值将以自己的群集为IE显示每个实例，所有实例都具有不同的颜色。