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덴드로 그램 뷰어

덴드로 그램 뷰어 웹 응용 프로그램

덴드로 그램 뷰어는 자바 스크립트로 작성된 오픈 소스 대화식 웹 응용 프로그램으로, 계층 적 클러스터링 (HC) 알고리즘에 의해 생성 된 클러스터의 배열을 설명하는 데 사용되는 트리 다이어그램입니다. D3.JS는 덴드로 그램 시각화의 기초로 사용됩니다.

응용 프로그램은 다른 수의 클러스터와 다른 비 유사성 / 거리의 대화식 시각화를 허용합니다. 또한 덴드로 그램 색상 팔레트 선택, 수직 레이아웃, 클러스터 라벨보기 등과 같은 몇 가지 시각적 옵션도 있습니다.

덴드로 그램 뷰어는 MIT 라이센스에 따라 오픈 소스이며 상업용으로 무료입니다.

소스 저장소 : https://github.com/pedrodbs/dendrogramviewer

의존성
용법
참조하십시오

의존성

D3.JS 덴드로 그램 레이아웃은이 기사의 지침을 기반으로합니다.

D3 라이브러리를 사용하여 덴드로 그램을 만드는 방법

또한 다음 JavaScript 패키지는 응용 프로그램에 사용됩니다.

덴드로 그램 레이아웃 시각화에 사용되는 D3.js (v3)
배경색 선택에 사용되는 JSCOLOR 컬러 피커 (v2.0.5)
덴드로 그램 색상 팔레트 선택에 사용되는 컬러 팔레트 생성기
svg crowbar (v2, 스타일을 내보내지 않도록 수정되어 파일 크기를 줄이기) SVG 이미지 파일로 덴드로 그램 내보내기에 사용

용법

덴드로 그램 뷰어 소스 코드를 git clone 다음 웹 브라우저에서 index.html 파일을 열 수 있습니다 (더 나은 결과를 얻으려면 Firefox 사용이 권장됨).

JSON 덴드로 그램 파일 정의

JSON 파일 형식은 큰 클러스터링 파일을보다 컴팩트하게 만들기 위해 D3.JS의 트리에 사용되는 표준 형식의 수정 된 버전입니다. 각 클러스터는 다음과 같은 노드 객체로 표시됩니다.

속성 n 클러스터의 이름 또는 ID를 보유합니다.
속성 d 는 HC 알고리즘에 의해 발견되고 생성 된 비 유사성 / 거리입니다.
속성 c 는 클러스터가 생성 된 부모 / 어린이 쌍을 포함하는 목록입니다.

예를 들어, 다음 JSON은 [Kaufman & Rousseeuw, 1990]에서 데이터 세트를 클러스터링하기 위해 aglomera.net 프레임 워크를 사용하여 생성되었습니다.

{
  "n" : " (1;4;5;2;3;6;7) " , "d" : 5.5 ,
  "c" : [
    { "n" : " (2;3;6;7) " , "d" : 2.05 ,
      "c" : [
        {
          "n" : " (2;3;6) " , "d" : 1.9 ,
          "c" : [
            {
              "n" : " (2;3) " , "d" : 1.12 ,
              "c" : [
                { "n" : " (3) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
                { "n" : " (2) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
            { "n" : " (6) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (7) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    },
    { "n" : " (1;4;5) " , "d" : 1.5 ,
      "c" : [
        { "n" : " (1;4) " , "d" : 0.71 ,
          "c" : [
            { "n" : " (4) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
            { "n" : " (1) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (5) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    } ]
}

파일로드

응용 프로그램은 examples 폴더에서 기본 JSON 파일을 자동으로로드합니다. 수동 파일 선택은 두 가지 방법으로 달성 할 수 있습니다.

URL에서 file 매개 변수를 사용하여 파일 file:///index.html?file=examples/iris.json;
Load... 클릭하고 버튼을 클릭하고 원하는 파일을 선택합니다.

덴드로 그램 뷰어 UI

상호 작용

Zoom & drag: Check-Box를 토글링하여 덴드로 그램 요소의 축소 (마우스 스크롤) 및 드래그 (마우스 클릭 및 드래그)를 지원합니다.
Num. clusters 슬라이더는 해당 크기의 클러스터 세트 를 시각화 할 수 있습니다. 특정 클러스터의 인스턴스는 동일한 노드 및 링크 색상을 갖음으로써 시각화됩니다. 값 1 선택하면 모든 인스턴스를 포함하는 단일 클러스터 ( 즉 , 모두 같은 색상)가 표시됩니다.
Dist. threshold 슬라이더를 사용하면 해당 비 유사성 / 거리 에서 알고리즘이 발견 한 클러스터 세트 의 시각화를 허용합니다. 0 의 값을 선택하면 각 인스턴스가 자체 클러스터 ( 즉 , 즉 뚜렷한 색상)로 표시됩니다.

SVG 수출

덴드로 그램을 SVG (확장 가능한 벡터 그래픽) 파일로 내보내거나 다운로드하려면 Download SVG 버튼을 클릭하십시오. 참고 : 이것은 기본 요소 스타일 ( 예 : 색상 및 가중치로 이미지 파일을 내 보냅니다. 전체 형식의 경우 styles.css 동일한 폴더에 배치하고 스타일 파일을 사용자 정의 할 수 있습니다).