DendrogramViewer
1.0.0
Une application Web de Dendrogram Viewer
Dendrogram Viewer est une application Web interactive open source écrite en JavaScript qui permet la visualisation des dendrogrammes, qui sont des diagrammes d'arbres utilisés pour illustrer la disposition des grappes telles que produites par un algorithme de clustering hiérarchique (HC). D3.js est utilisé comme base pour la visualisation du dendrogramme.
L'application permet une visualisation interactive de différents nombre de clusters et différentes dissimulations / distances. Il a également plusieurs options visuelles, telles que la sélection de la palette de couleurs dendrogram, la disposition verticale, les étiquettes de cluster, etc.
Dendrogram Viewer est open-source en vertu de la licence MIT et est gratuit pour une utilisation commerciale.
Table des matières
La disposition du dendrogramme D3.JS est basée sur les instructions de cet article:
De plus, les packages JavaScript suivants sont utilisés dans l'application:
Vous pouvez git clone le code source de la visionneuse dendrogram, puis ouvrir le fichier index.html dans un navigateur Web (l'utilisation de Firefox est recommandée pour de meilleurs résultats).
Le format de fichier JSON est une version modifiée du format standard utilisé pour les arbres par D3.js pour rendre les grands fichiers de clustering plus compacts. Chaque cluster est représenté par un objet de nœud où:
n détient le nom ou l'ID du cluster;d est la dissimilarité / distance à laquelle il a été trouvé et créé par l'algorithme HC;c est une liste contenant la paire de parents / enfants à partir de laquelle le cluster a été créé.Par exemple, le JSON suivant a été produit en utilisant le framework AgLomera.net pour regrouper l'ensemble de données dans [Kaufman & Rousseeuw, 1990]:
{
"n" : " (1;4;5;2;3;6;7) " , "d" : 5.5 ,
"c" : [
{ "n" : " (2;3;6;7) " , "d" : 2.05 ,
"c" : [
{
"n" : " (2;3;6) " , "d" : 1.9 ,
"c" : [
{
"n" : " (2;3) " , "d" : 1.12 ,
"c" : [
{ "n" : " (3) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
{ "n" : " (2) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
{ "n" : " (6) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
{ "n" : " (7) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
},
{ "n" : " (1;4;5) " , "d" : 1.5 ,
"c" : [
{ "n" : " (1;4) " , "d" : 0.71 ,
"c" : [
{ "n" : " (4) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
{ "n" : " (1) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
{ "n" : " (5) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
} ]
} L'application charge automatiquement un fichier JSON par défaut dans le dossier examples . La sélection des fichiers manuelles peut être obtenue de deux manières:
file dans l'URL, EG file:///index.html?file=examples/iris.json;Load... et en sélectionnant le fichier souhaité. 
Zoom & drag: case à cocher.Num. clusters Le curseur Num. clusters permettra la visualisation de l' ensemble de cluster de la taille correspondante. Les instances d'un cluster particulier sont visualisées en ayant le même nœud et la même couleur de liaison. Le choix d'une valeur de 1 montrera un seul cluster contenant toutes les instances, c'est-à-dire le tout avec la même couleur.Dist. threshold Le curseur Dist. threshold permettra la visualisation de l' ensemble de cluster que l'algorithme trouvé à la dissimilarité / distance correspondante. Le choix d'une valeur de 0 montrera chaque instance dans son propre cluster, c'est-à-dire tous avec des couleurs distinctes. Pour exporter / télécharger le dendrogramme dans un fichier SVG (Graphics vectoriels évolutifs), cliquez sur le bouton Download SVG . Remarque: Cela exportera un fichier image avec un style d'élément de base, par exemple , les couleurs et les poids. Pour la mise en forme complète, placez les styles.css dans le même dossier (et éventuellement personnaliser le fichier de style).
Prend en charge la visualisation des étiquettes de chaque cluster (généralement les instances contenues) en basculant la boîte à cocher Show labels .
Prend en charge les dispositions de dendrogramme verticales et horizontales en basculant la boîte à cocher Vertical layout .
Prend en charge les liens de branche d'arbre droite et arrondie en basculiers de la boîte à cocher Straight links .
Prend en charge les couleurs de gris, en basculiers de la case à cocher Grayscale .
Permet d'utiliser une sélection entre différentes palettes de couleurs pour les couleurs de cluster du dendrogram, en choisissant parmi la boîte combinée Color scheme , y compris les Tol's , le brasseur des couleurs , etc. Remarque: Certaines palettes ont une limite sur le nombre de couleurs, donc un nombre limité de grappes doit être sélectionné.
La couleur d'arrière-plan peut également être choisie en utilisant le sélecteur Background color .
Références
Autres liens
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