DendrogramViewer

Penampil Dendrogram

Aplikasi web Dendrograms Viewer

Dendrogram Viewer adalah aplikasi web interaktif open-source yang ditulis dalam JavaScript yang memungkinkan visualisasi dendrogram, yang merupakan diagram pohon yang digunakan untuk menggambarkan pengaturan cluster yang diproduksi oleh algoritma Hierarchical Clustering (HC). D3.JS digunakan sebagai dasar untuk visualisasi dendrogram.

Aplikasi ini memungkinkan visualisasi interaktif dari jumlah kelompok yang berbeda dan perbedaan / jarak yang berbeda. Ini juga memiliki beberapa opsi visual, seperti pemilihan palet warna dendrogram, tata letak vertikal, label cluster melihat, dll.

Dendrogram Viewer adalah open-source di bawah lisensi MIT dan gratis untuk penggunaan komersial.

• Repositori Sumber: https://github.com/pedrodbs/dendrogramviewer

Daftar isi

• Dependensi
• Penggunaan
• Lihat juga

---

Dependensi

Tata letak dendrogram D3.JS didasarkan pada instruksi dalam artikel ini:

• Cara membuat dendrogram menggunakan perpustakaan d3

Selain itu, paket JavaScript berikut digunakan dalam aplikasi:

• D3.JS (V3), digunakan untuk visualisasi tata letak dendrogram
• JSColor Color Picker (v2.0.5), digunakan untuk pemilihan warna latar belakang
• Generator Palet Warna, Digunakan untuk Pemilihan Palet Warna Dendrogram
• SVG Crowbar (V2, dimodifikasi untuk tidak mengekspor gaya dan karenanya mengurangi ukuran file), digunakan untuk ekspor dendrogram ke file gambar SVG

Penggunaan

Anda dapat git clone kode sumber Dendrograms Viewer dan kemudian membuka file index.html di browser web (penggunaan Firefox disarankan untuk hasil yang lebih baik).

Definisi File Dendrogram JSON

Format file JSON adalah versi yang dimodifikasi dari format standar yang digunakan untuk pohon oleh D3.js untuk membuat file pengelompokan besar lebih kompak. Setiap cluster diwakili oleh objek simpul di mana:

• Atribut n memegang nama atau ID dari cluster;
• Atribut d adalah perbedaan / jarak di mana ia ditemukan dan dibuat oleh algoritma HC;
• Atribut c adalah daftar yang berisi pasangan orang tua / anak -anak dari mana cluster dibuat.

Misalnya, JSON berikut diproduksi dengan menggunakan kerangka kerja aglomera.net untuk mengelompokkan data yang ditetapkan di [Kaufman & Rousseeuw, 1990]:

{
  "n" : " (1;4;5;2;3;6;7) " , "d" : 5.5 ,
  "c" : [
    { "n" : " (2;3;6;7) " , "d" : 2.05 ,
      "c" : [
        {
          "n" : " (2;3;6) " , "d" : 1.9 ,
          "c" : [
            {
              "n" : " (2;3) " , "d" : 1.12 ,
              "c" : [
                { "n" : " (3) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
                { "n" : " (2) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
            { "n" : " (6) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (7) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    },
    { "n" : " (1;4;5) " , "d" : 1.5 ,
      "c" : [
        { "n" : " (1;4) " , "d" : 0.71 ,
          "c" : [
            { "n" : " (4) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
            { "n" : " (1) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (5) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    } ]
}

Memuat file

Aplikasi secara otomatis memuat file JSON default dari folder examples . Pemilihan file manual dapat dicapai dengan dua cara:

• Dengan menggunakan parameter file dalam url, misalnya file:///index.html?file=examples/iris.json;
• Dengan mengklik tombol Load... dan pilih file yang diinginkan.

Interaksi

• Mendukung zooming (gulir mouse) dan seret (klik mouse dan seret) dari elemen dendrogram dengan mengubah Zoom & drag: kotak check-box.
• Mengubah Num. clusters Slider Num. clusters akan memungkinkan visualisasi set cluster dari ukuran yang sesuai. Contoh dalam cluster tertentu divisualisasikan dengan memiliki node dan warna tautan yang sama. Memilih nilai 1 akan menunjukkan satu cluster yang berisi semua contoh, yaitu , semua dengan warna yang sama.
• Mengubah Dist. threshold Slider akan memungkinkan visualisasi cluster-set yang algoritma yang ditemukan pada perbedaan / jarak yang sesuai. Memilih nilai 0 akan menunjukkan setiap contoh di clusternya sendiri, yaitu , semua dengan warna yang berbeda.

Ekspor SVG

Untuk mengekspor / mengunduh dendrogram ke dalam file SVG (grafik vektor yang dapat diskalakan), klik tombol Download SVG . Catatan: Ini akan mengekspor file gambar dengan gaya elemen dasar, misalnya , warna dan bobot. Untuk format lengkap tempat styles.css di folder yang sama (dan mungkin menyesuaikan file gaya).

Opsi visual

Visualisasi label cluster

Mendukung melihat label dari masing-masing cluster (biasanya contoh yang terkandung di dalamnya) dengan mengacak kotak check- Show labels .

Tata letak

Mendukung tata letak dendrogram vertikal dan horizontal dengan mengubah kotak Vertical layout .

Tautan tautan

Mendukung tautan cabang pohon lurus dan bundar dengan mengubah kotak check Straight links .

Warna

Mendukung warna abu-abu, dengan mengacak kotak check Grayscale .

Memungkinkan pilihan antara palet warna yang berbeda untuk digunakan untuk warna cluster dendrogram, dengan memilih dari Color scheme kombo, termasuk TOL , pembuat bir warna , dll. Catatan: Beberapa palet memiliki batasan jumlah warna sehingga sejumlah kelompok harus dipilih.

Warna latar belakang juga dapat dipilih dengan menggunakan pemetik Background color .

Lihat juga

Referensi

1. Kaufman, L., & Rousseeuw, PJ (1990). Menemukan kelompok dalam data: Pengantar analisis cluster . John Wiley & Sons.

Tautan lain

• Aglomera.net
• Dendrogram (Wikipedia)
• D3.js

Hak Cipta © 2018, Pedro Sequeira