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DendrogramViewer

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Dendrogram Viewer

Eine Webrogramm-Viewer-Webanwendung

Dendrogram Viewer ist eine in JavaScript geschriebene Open-Source-Web-Anwendung, die die Visualisierung von Dendrogrammen ermöglicht. D3.JS wird als Grundlage für die Dendrogrammvisualisierung verwendet.

Die Anwendung ermöglicht eine interaktive Visualisierung verschiedener Anzahl von Clustern und unterschiedliche Unähnlichkeiten / Entfernungen. Es verfügt auch über mehrere visuelle Optionen, wie z.

Dendrogram Viewer ist unter der MIT-Lizenz Open-Source und ist kostenlos für die kommerzielle Nutzung.

Quell -Repository: https://github.com/pedrodbs/dendrogramviewer

Inhaltsverzeichnis

Abhängigkeiten
Verwendung
Siehe auch

Abhängigkeiten

Das D3.JS -Dendrogram -Layout basiert auf den Anweisungen in diesem Artikel:

So erstellen Sie ein Dendrogramm mit der D3 -Bibliothek

Darüber hinaus werden die folgenden JavaScript -Pakete in der Anwendung verwendet:

D3.JS (V3), verwendet für die Dendrogramm -Layout -Visualisierung
Jscolor Color Picker (v2.0.5), verwendet für die Hintergrundfarbeauswahl
Farbpalettengenerator, verwendet für die Auswahl der Dendrogramm -Farbpalette
SVG -Crowbar (V2, geändert, um keine Exportstile zu exportieren und somit die Dateigröße zu reduzieren), verwendet für den Dendrogramm -Export in SVG -Bilddateien

Verwendung

Sie können den Quellcode des Dendrogram Viewer -Quellcodes git clone und dann die Datei index.html in einem Webbrowser öffnen (Firefox -Verwendung wird für bessere Ergebnisse empfohlen).

JSON -Dendrogram -Dateidefinition

Das JSON -Dateiformat ist eine modifizierte Version des Standardformats, das von D3.JS für Bäume verwendet wird, um große Clustering -Dateien kompakter zu gestalten. Jeder Cluster wird durch ein Knotenobjekt dargestellt, wobei:

Attribut n hält den Namen oder die ID des Clusters;
Attribut d ist die Unähnlichkeit / den Abstand, bei dem es vom HC -Algorithmus gefunden und erzeugt wurde;
Attribut c ist eine Liste, die das Paar Eltern / Kinder enthält, aus dem der Cluster erstellt wurde.

Beispielsweise wurde der folgende JSON unter Verwendung des Aglomera.NET-Frameworks erzeugt, um das Datensatz in [Kaufman & Rousseeuw, 1990] zu gruppieren:

{
  "n" : " (1;4;5;2;3;6;7) " , "d" : 5.5 ,
  "c" : [
    { "n" : " (2;3;6;7) " , "d" : 2.05 ,
      "c" : [
        {
          "n" : " (2;3;6) " , "d" : 1.9 ,
          "c" : [
            {
              "n" : " (2;3) " , "d" : 1.12 ,
              "c" : [
                { "n" : " (3) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
                { "n" : " (2) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
            { "n" : " (6) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (7) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    },
    { "n" : " (1;4;5) " , "d" : 1.5 ,
      "c" : [
        { "n" : " (1;4) " , "d" : 0.71 ,
          "c" : [
            { "n" : " (4) " , "d" : 0.0 , "c" : [] },
            { "n" : " (1) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ] },
        { "n" : " (5) " , "d" : 0.0 , "c" : [] } ]
    } ]
}

Dateien laden

Die Anwendung lädt automatisch eine Standard -JSON -Datei aus dem examples -Ordner. Die manuelle Dateiauswahl kann auf zwei Arten erreicht werden:

Durch die Verwendung des file in der URL, z. B. file:///index.html?file=examples/iris.json;
Durch Klicken auf die Schaltfläche Load... und die gewünschte Datei auswählen.

Dendrogram Viewer UI

Interaktion

Unterstützt das Zooming (Maus-Scroll) und das Ziehen von Klicken und Ziehen der Dendrogrammelemente (Mausklick und Drag), indem Sie den Zoom & drag: Check-Box umschalten.
Ändern der Num. clusters Slider ermöglicht die Visualisierung des Cluster-Sets der entsprechenden Größe. Die Instanzen in einem bestimmten Cluster werden durch den gleichen Knoten und die Verknüpfungsfarbe visualisiert. Durch die Auswahl eines Wertes von 1 wird ein einzelner Cluster angezeigt, der alle Instanzen enthält, dh alle mit der gleichen Farbe.
Das Dist. threshold Schieberegler ermöglicht die Visualisierung des Clustersatzes , den der Algorithmus an der entsprechenden Unähnlichkeit / Entfernung gefunden hat. Die Auswahl eines Wertes von 0 zeigt jede Instanz in seinem eigenen Cluster, dh alle mit unterschiedlichen Farben.

SVG -Export

Um das Dendrogramm in eine SVG -Datei (skalierbare Vektorgrafik) zu exportieren / herunterzuladen, klicken Sie auf die Schaltfläche Download SVG . HINWEIS: Dadurch wird eine Bilddatei mit grundlegendem Element -Styling, z . B. Farben und Gewichten exportiert. Für die vollständige Formatierung legen Sie die styles.css in denselben Ordner (und können Sie möglicherweise die Style -Datei anpassen).

Visuelle Optionen

Cluster -Etikett -Visualisierung

Unterstützt das Anzeigen der Beschriftungen jedes Clusters (normalerweise die darin enthaltenen Instanzen), indem die Checkbox Show labels umgeschaltet wird.

Etiketten

Layout

Unterstützt sowohl vertikale als auch horizontale Dendrogramm-Layouts, indem Sie die Vertical layout -Checkbox umschalten.

Horizontales Layout

Links Layout

Unterstützt sowohl gerade als auch abgerundete Baumzweig-Links, indem Sie die Check-Box der Straight links umschalten.

Abgerundete Links

Farben

Unterstützt Graustufenfarben, indem Sie die Grayscale Check-Box umschalten.

Graustufen

Ermöglicht eine Auswahl zwischen verschiedenen Farbpaletten für die Clusterfarben des Dendrogramms, indem Sie aus der Combo-Box Color scheme auswählen, einschließlich TOLs , Farbbrauer usw. Hinweis: Einige Paletten haben eine Grenze für die Anzahl der Farben, daher muss eine begrenzte Anzahl von Clustern ausgewählt werden.

Hintergrundfarbe kann auch mit dem Background color ausgewählt werden.

Graustufen