ClusterProfShinyORA

ClusterProfshinyora

• 簇式填充剂过度代表分析r光泽
• 这是纳斯卡工具箱的一部分
• 预印：纳斯卡：一个基于网络的高通量测序数据分析和可视化的平台

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这是一个基于Web的交互式应用程序，它包裹了流行的ClusterProfiler软件包，该软件包实现了分析和可视化基因组坐标，基因和基因簇的功能分布的方法。

用户可以从DESEQ2上传自己的差异基因表达（DGE）数据，也可以从上游DESEQ2SHINY应用程序导入数据。

该应用程序允许对GO-TERMS和KEGG途径进行快速简便的过度代表分析（ORA） 。

它旨在为研究人员提供一个直观的界面，以便在R.中进行交互式上载，分析，可视化和探索单细胞RNA-seq数据，而没有先前的编程知识。

产生的视觉效果包括使用PathView软件包的DOT图，WordClouds，类别网图，富集地图图，GO诱导图，GSEA图和丰富的KEGG途径图。

该申请遵循本教程

请参阅下面的输出图。

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输入数据类型

本应用程序接受以下类型的输入数据：

1。示例数据（演示）：

• 出于演示目的，您可以选择“示例数据”

• 您可以按后按照步骤运行镜像教程的分析，以熟悉该应用

2。上传您自己的数据（基因计数）：

• 一个.csv/.txt文件，其中包含一个差分基因表达式（DGE）数据表

• 例如。 DESEQ2的输出

• 该文件可以是逗号或选项卡

• 所需的列是基因名称/ID，log2折叠更改，p调整值

• 您将必须选择匹配上面必需列的列名

• 对于示例文件，请单击此处

图2：例如。 DGE数据文件

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运行结果

1。数据输出

输出结果将显示和/或可下载

• 富集结果表
• 富集结果表

2。可视化

对于go/kegg，包括各种形式的可视化：

• 吧台图
• 点图
• 富集图图
• 富集的GO诱导图（Goplot，仅GO）
• 富集的GO诱导图（CNETPLOT）
• PATHVIEW图（KEGG）
• 单词云

致谢：

• 广琴/群集生产商

• 穆罕默德·哈尔法（Mohammed Khalfan） - 代表分析