PrankWebApp下载PrankWebApp源代码下载

PrankWebApp

网站数据

1.0.0

下载

警告：该存储库已被弃用https://github.com/cusbg/prankweb！请在那里提交任何问题！

恶作剧

此存储库包含Prankweb Web应用程序。在此文件中，我们说明了如何设置prankweb服务器并描述prankweb rest api。

学分

非常感谢P2Rank，LiteMol，Protael，Wildfly以及我们在该项目中使用的许多其他图书馆和工具的作者

如何运行Prankweb

建造恶作剧

安装Node.js和Gradle（您还需要Java）。

克隆该存储库，包括所有的子模型：

git clone --recursive https://github.com/jendelel/PrankWebApp.git

现在，您使用此命令构建prankweb：

./gradlew clean war

这将在build/libs Directory中编译所有类模块，并创建root.war文件。

配置prankweb

要实际运行PrankWeb服务器，您将需要从http://wildfly.org/downloads/和setup envirnment variable jboss_home下载并解开JBoss Wildfly应用程序服务器。

prankweb需要到达目录存储上载文件等目录等目录等。所有内容都存储在目录中，我们将其称为PrankData 。该目录包含prankweb.properties文件，其中包含所有必要的路径和配置。该文件包含对（键和值）。您必须设置以下属性：

Prank.Installdir通往P2Rank Diffor目录的路径（运行P2Rank所需）。
Database.pdb通往本地PDB数据库的路径（请参阅http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=download/ftp/ftp/index.html如何下载）。
database.csv Path P2RANK结果和PDB数据库的保护分数。
uploads.pdb路径到达目录在哪里存储上传的用户PDB文件。
uploads.csv路径到达目录在哪里存储用户PDB文件的分析结果（包括保护文件）。
keservation.hssp到本地HSSP数据库（请参阅http://swift.cmbi.ru.nl/gv/hssp/如何下载）。
keprative.script路径可执行的计算保护分数（请参阅：https：//github.com/jendelel/calc_protein_conservation）。

您也可以指定：

队列大小是分析队列的大小（P2Rank和保护管道）。
pool.coresize是可以同时运行的分析数。
pool.maxsize这是如果队列已满，可以同时运行的分析数。

我们建议将所有数据存储在PrankData目录中。在JBOSS_HOME/独立/data/prankweb中创建一个符号链接，使用这些命令指向prankdata目录：

视窗：

 cd /d %JBOSS_HOME% s tandalone d ata
mklink /D PrankWeb {path to PrankData directory}

Linux：

 cd $JBOSS_HOME /standalone/data
ln -s -d {path to PrankData directory} PrankWeb

由于服务器内部运行P2RANK，请在linux或%JBOSS_HOME%/bin/standalone.conf.bat $JBOSS_HOME/bin/standalone.conf中的内存限制，以更改限制，以更改限制，更改java_opts中的-xmx选项至少10024m中的java_opts语句：例如：

      JAVA_OPTS= " -Xms64m -Xmx1024m -XX:MetaspaceSize=96M -XX:MaxMetaspaceSize=256m -Djava.net.preferIPv4Stack=true "

启用GZIP压缩（可选）

要启用Web服务器的GZIP压缩，请在$JBOSS_HOME/standalone/configuration/standalone.xml文件中添加以下两个标记两个Asterics的行。

        ...
        < subsystem xmlns = " urn:jboss:domain:undertow:3.1 " >
            < buffer-cache name = " default " />
            < server name = " default-server " >
                < http-listener name = " default " socket-binding = " http " redirect-socket = " https " enable-http2 = " true " />
                < https-listener name = " https " socket-binding = " https " security-realm = " ApplicationRealm " enable-http2 = " true " />
                < host name = " default-host " alias = " localhost " >
                    < location name = " / " handler = " welcome-content " />
                    < filter-ref name = " server-header " />
                    < filter-ref name = " x-powered-by-header " />
                    **< filter-ref name = " gzipFilter " predicate = " regex[pattern='(?:application/javascript|text/css|text/html|text/plain)(;.*)?', value=%{o,Content-Type}, full-match=true] " />**
                </ host >
            </ server >
            < servlet-container name = " default " >
                < jsp-config />
                < websockets />
            </ servlet-container >
            < handlers >
                < file name = " welcome-content " path = " ${jboss.home.dir}/welcome-content " />
            </ handlers >
            < filters >
                < response-header name = " server-header " header-name = " Server " header-value = " WildFly/10 " />
                < response-header name = " x-powered-by-header " header-name = " X-Powered-By " header-value = " Undertow/1 " />
                **< gzip name = " gzipFilter " />**
            </ filters >
        </ subsystem >
        ...

运行Prankweb

设置JBoss Wildfly后，只需运行JBOSS_HOME/bin/standalone{.sh|.bat}即可复制ROOT.war文件结束JBOSS_HOME/standalone/deployments或运行gradle deploy命令启动项目目录。

要在没有超级用户权限的情况下运行端口80的服务器，请参见：https：//serverfault.com/questions/112795/how-end-end-run-a-a-server-port-on-port-80-as-a-as-a-a-normal-user-user-on-linux
Brifly：运行此命令END REROUTE端口8080 END 80： sudo iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 8080

REST API

URI（统一资源标识符）遵循模式 / API / origin / type / id ，其中origin upload或id确定了原始PDB文件是由用户上传还是从数据库下载。该type指示用户请求的文件类型。最后， id是在上传自定义PDB文件后服务器生成的PDB标识代码或标识字符串。我们通过GET方法为每种上载的蛋白质或蛋白质上载的蛋白质或蛋白质的所有数据提供以下数据 - 括号中的类型是：