หน้าแรก>แหล่งข้อมูลการสร้างเว็บไซต์>ข้อมูลเว็บไซต์
ดาวน์โหลด
คำเตือน: พื้นที่เก็บข้อมูลนี้เลิกใช้แล้วในความโปรดปรานของ https://github.com/cusbg/prankweb! กรุณายื่นปัญหาใด ๆ ที่นั่น!

การเล่นคิลเวบ

เครื่องประดับนี้มีเว็บแอปพลิเคชัน Prankweb ในไฟล์นี้เราอธิบายวิธีการตั้งค่าเซิร์ฟเวอร์ Prankweb และอธิบาย Prankweb REST API

การให้เครดิต

ขอขอบคุณผู้เขียน P2RANK, Litemol, Protael, WildFly และห้องสมุดและเครื่องมืออื่น ๆ อีกมากมายที่เราใช้ในโครงการนี้

วิธีเรียกใช้ Prankweb

อาคาร Prankweb

ติดตั้ง node.js และ Gradle (คุณจะต้องใช้ Java ด้วย)

โคลนที่เก็บนี้รวมถึง submodules ทั้งหมด: 

git clone --recursive https://github.com/jendelel/PrankWebApp.git

ตอนนี้คุณสร้าง Prankweb โดยใช้คำสั่งนี้: 

./gradlew clean war

สิ่งนี้จะรวบรวม submodules ทั้งหมดและสร้างไฟล์ root.war ในไดเรกทอรี build/libs

การกำหนดค่า Prankweb

ในการเรียกใช้เซิร์ฟเวอร์ Prankweb คุณจะต้องดาวน์โหลดและแกะแอปพลิเคชันแอปพลิเคชัน JBOSS WildFly Server จาก http://wildfly.org/downloads/ และตั้งค่าตัวแปร Envirnment jboss_home ไปยัง Wildfly Path

Prankweb ต้องการเส้นทางไปยังไดเรกทอรีที่เก็บไฟล์ที่อัปโหลด ฯลฯ ทุกอย่างถูกเก็บไว้ในไดเรกทอรีเราจะเรียกมันว่า PrankData ไดเรกทอรีนี้มีไฟล์ prankweb.properties ที่มีพา ธ และการกำหนดค่าที่จำเป็นทั้งหมด ไฟล์มีคู่ (คีย์และค่า) คุณต้องตั้งค่าคุณสมบัติต่อไปนี้:

  • PRANK.INSTALLDIR PATH ไปยังไดเรกทอรี distro P2RANK (จำเป็นสำหรับการเรียกใช้ P2RANK)
  • Database.pdb Path ไปยังฐานข้อมูล PDB ท้องถิ่น (ดู http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=download/ftp/index.html วิธีการดาวน์โหลด)
  • Database.CSV PATH ไปยังผลลัพธ์ P2RANK ที่คำนวณล่วงหน้าและคะแนนการอนุรักษ์ของฐานข้อมูล PDB
  • Uploads.pdb Path ไปยังไดเรกทอรีที่จะจัดเก็บไฟล์ PDB ผู้ใช้ที่อัปโหลด
  • path uploads.csv ไปยังไดเรกทอรีที่จะจัดเก็บผลการวิเคราะห์ของไฟล์ PDB ผู้ใช้ (รวมถึงไฟล์อนุรักษ์)
  • การอนุรักษ์ พา ธ ไปยังฐานข้อมูล HSSP ในพื้นที่ (ดู http://swift.cmbi.ru.nl/gv/hssp/ วิธีการดาวน์โหลด)
  • Conservation.script Path ไปยังการดำเนินการที่คำนวณคะแนนการอนุรักษ์ (โปรดดู: https://github.com/jendelel/calc_protein_conservation)

คุณสามารถระบุ:

  • queue.size ซึ่งเป็นขนาดของคิวการวิเคราะห์ (ทั้ง p2rank และไปป์ไลน์อนุรักษ์)
  • pool.coresize ซึ่งคือจำนวนการวิเคราะห์ที่สามารถทำงานพร้อมกัน
  • pool.maxsize ซึ่งเป็นจำนวนการวิเคราะห์ที่สามารถทำงานพร้อมกันได้หากคิวเต็ม

เราแนะนำให้จัดเก็บข้อมูลทั้งหมดในไดเรกทอรี PrankData สร้างลิงค์สัญลักษณ์ใน JBOSS_HOME/Standalone/Data/Prankweb ชี้ไปที่ไดเรกทอรี PrankData โดยใช้คำสั่งเหล่านี้:

Windows: 

 cd /d %JBOSS_HOME% s tandalone d ata
mklink /D PrankWeb {path to PrankData directory}

Linux: 

 cd $JBOSS_HOME /standalone/data
ln -s -d {path to PrankData directory} PrankWeb

เนื่องจากเซิร์ฟเวอร์รัน P2RANK ภายในโปรดเพิ่มขีด จำกัด ของหน่วยความจำใน $JBOSS_HOME/bin/standalone.conf บน linux หรือ %JBOSS_HOME%/bin/standalone.conf.bat บน Windows เพื่อเปลี่ยนขีด จำกัด 

      JAVA_OPTS= " -Xms64m -Xmx1024m -XX:MetaspaceSize=96M -XX:MaxMetaspaceSize=256m -Djava.net.preferIPv4Stack=true "

การเปิดใช้งานการบีบอัด GZIP (ไม่บังคับ)

ในการเปิดใช้งานการบีบอัด GZIP ของเว็บเซิร์ฟเวอร์ให้เพิ่ม สอง บรรทัดต่อไปนี้ ที่ทำเครื่องหมายด้วยเครื่องหมายดอกจันสองอัน ในไฟล์ $JBOSS_HOME/standalone/configuration/standalone.xml : 

        ...
        < subsystem xmlns = " urn:jboss:domain:undertow:3.1 " >
            < buffer-cache name = " default " />
            < server name = " default-server " >
                < http-listener name = " default " socket-binding = " http " redirect-socket = " https " enable-http2 = " true " />
                < https-listener name = " https " socket-binding = " https " security-realm = " ApplicationRealm " enable-http2 = " true " />
                < host name = " default-host " alias = " localhost " >
                    < location name = " / " handler = " welcome-content " />
                    < filter-ref name = " server-header " />
                    < filter-ref name = " x-powered-by-header " />
                    **< filter-ref name = " gzipFilter " predicate = " regex[pattern='(?:application/javascript|text/css|text/html|text/plain)(;.*)?', value=%{o,Content-Type}, full-match=true] " />**
                </ host >
            </ server >
            < servlet-container name = " default " >
                < jsp-config />
                < websockets />
            </ servlet-container >
            < handlers >
                < file name = " welcome-content " path = " ${jboss.home.dir}/welcome-content " />
            </ handlers >
            < filters >
                < response-header name = " server-header " header-name = " Server " header-value = " WildFly/10 " />
                < response-header name = " x-powered-by-header " header-name = " X-Powered-By " header-value = " Undertow/1 " />
                **< gzip name = " gzipFilter " />**
            </ filters >
        </ subsystem >
        ...

ใช้ Prankweb

หลังจากที่คุณตั้งค่า JBoss Wildfly เพียงเรียกใช้ JBOSS_HOME/bin/standalone{.sh|.bat} และคัดลอกไฟล์ ROOT.war ปลาย JBOSS_HOME/standalone/deployments หรือเรียกใช้คำสั่ง gradle deploy เริ่มต้นไดเรกทอรีโครงการ

หากต้องการเรียกใช้เซิร์ฟเวอร์บนพอร์ต 80 โดยไม่มีสิทธิ์ผู้ใช้สุดยอดโปรดดู: https://serverfault.com/questions/112795/how-end-run-a-server-on-port-80-as-a-normal- on-linux
Brifly: เรียกใช้คำสั่งนี้ปลาย Reroute พอร์ต 8080 end 80: sudo iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 8080

REST API

URIS (ตัวระบุทรัพยากรที่เหมือนกัน) ติดตามรูปแบบ / API / origin / type / id โดยที่ origin คือ upload หรือ id ระบุว่าไฟล์ PDB ดั้งเดิมถูกอัปโหลดโดยผู้ใช้หรือดาวน์โหลดจาก Data Bank type ระบุประเภทของไฟล์ที่ผู้ใช้ร้องขอ สุดท้าย id เป็นรหัสการระบุ PDB หรือสตริงการระบุตัวตนที่สร้างโดยเซิร์ฟเวอร์หลังจากอัปโหลดไฟล์ PDB ที่กำหนดเองแล้ว เราให้บริการข้อมูลต่อไปนี้ทั้งหมดสำหรับโปรตีนหรือโปรตีนที่อัปโหลดแต่ละตัวจาก Protein Data Bank (PDB) ผ่านวิธี GET - ประเภทที่ระบุไว้ในวงเล็บ:

  • ไฟล์ PDB ( pdb ) - ไฟล์ต้นฉบับที่อธิบายโปรตีนที่ได้รับจากผู้ใช้หรือจากฐานข้อมูล
  • การจัดตำแหน่งหลายลำดับ ( msa ) - การจัดตำแหน่งหลายลำดับ (MSA) สำหรับแต่ละห่วงโซ่ของโปรตีน
  • คะแนนการอนุรักษ์ ( hom ) - คะแนนการอนุรักษ์คำนวณจากไฟล์ MSA แต่ละไฟล์
  • ไฟล์การทำนาย P2RANK ( csv ) - ไฟล์ JSON (Notation Object JavaScript) ที่สร้างขึ้นโดย P2RANK ที่มีผลการทำนาย
  • Sequence ( seq ) - ไฟล์ JSON ที่มีลำดับโปรตีนและคะแนนการอนุรักษ์
  • การสร้างภาพ Pymol ( vis ) - P2RANK ยังสร้างสคริปต์ Pymol สำหรับการสร้างภาพออฟไลน์
  • ไฟล์แพ็คเกจ ( all ) - ไฟล์ zip ที่มีไฟล์ทั้งหมดที่แสดงไว้ด้านบน ไฟล์โปรตีนที่กำหนดเองยังสามารถส่งเพื่อการวิเคราะห์ผ่านคำขอโพสต์

URI คือ: /analyze/file_upload คำขอควรเข้ารหัสไฟล์ PDB ด้วยตัวระบุ PDBFILE, Boolean Doconservation ที่ระบุว่าควรคำนวณคะแนนการอนุรักษ์หรือไม่ เป็นทางเลือกไฟล์ PDBID หรือ MSA ที่ลงท้ายด้วย. FASTA สามารถรวมไว้เพื่อเพิ่มความเร็วในการวิเคราะห์ การตอบกลับจากเซิร์ฟเวอร์มีรหัสประจำตัวที่สร้างขึ้นซึ่งสามารถใช้สำหรับคำขอได้รับเพิ่มเติม

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด