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PrankWebApp

網站數據

1.0.0

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警告：該存儲庫已被棄用https://github.com/cusbg/prankweb！請在那裡提交任何問題！

惡作劇

此存儲庫包含Prankweb Web應用程序。在此文件中，我們說明瞭如何設置prankweb服務器並描述prankweb rest api。

學分

非常感謝P2Rank，LiteMol，Protael，Wildfly以及我們在該項目中使用的許多其他圖書館和工具的作者

如何運行Prankweb

建造惡作劇

安裝Node.js和Gradle（您還需要Java）。

克隆該存儲庫，包括所有的子模型：

git clone --recursive https://github.com/jendelel/PrankWebApp.git

現在，您使用此命令構建prankweb：

./gradlew clean war

這將在build/libs Directory中編譯所有類模塊，並創建root.war文件。

配置prankweb

要實際運行PrankWeb服務器，您將需要從http://wildfly.org/downloads/和setup envirnment variable jboss_home下載並解開JBoss Wildfly應用程序服務器。

prankweb需要到達目錄存儲上載文件等目錄等目錄等。所有內容都存儲在目錄中，我們將其稱為PrankData 。該目錄包含prankweb.properties文件，其中包含所有必要的路徑和配置。該文件包含對（鍵和值）。您必須設置以下屬性：

Prank.Installdir通往P2Rank Diffor目錄的路徑（運行P2Rank所需）。
Database.pdb通往本地PDB數據庫的路徑（請參閱http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=download/ftp/ftp/index.html如何下載）。
database.csv Path P2RANK結果和PDB數據庫的保護分數。
uploads.pdb路徑到達目錄在哪裡存儲上傳的用戶PDB文件。
uploads.csv路徑到達目錄在哪裡存儲用戶PDB文件的分析結果（包括保護文件）。
keservation.hssp到本地HSSP數據庫（請參閱http://swift.cmbi.ru.nl/gv/hssp/如何下載）。
keprative.script路徑可執行的計算保護分數（請參閱：https：//github.com/jendelel/calc_protein_conservation）。

您也可以指定：

隊列大小是分析隊列的大小（P2Rank和保護管道）。
pool.coresize是可以同時運行的分析數。
pool.maxsize這是如果隊列已滿，可以同時運行的分析數。

我們建議將所有數據存儲在PrankData目錄中。在JBOSS_HOME/獨立/data/prankweb中創建一個符號鏈接，使用這些命令指向prankdata目錄：

視窗：

 cd /d %JBOSS_HOME% s tandalone d ata
mklink /D PrankWeb {path to PrankData directory}

Linux：

 cd $JBOSS_HOME /standalone/data
ln -s -d {path to PrankData directory} PrankWeb

由於服務器內部運行P2RANK，請在linux或%JBOSS_HOME%/bin/standalone.conf.bat $JBOSS_HOME/bin/standalone.conf中的內存限制，以更改限制，以更改限制，更改java_opts中的-xmx選項至少10024m中的java_opts語句：例如：

      JAVA_OPTS= " -Xms64m -Xmx1024m -XX:MetaspaceSize=96M -XX:MaxMetaspaceSize=256m -Djava.net.preferIPv4Stack=true "

啟用GZIP壓縮（可選）

要啟用Web服務器的GZIP壓縮，請在$JBOSS_HOME/standalone/configuration/standalone.xml文件中添加以下兩個標記兩個Asterics的行。

        ...
        < subsystem xmlns = " urn:jboss:domain:undertow:3.1 " >
            < buffer-cache name = " default " />
            < server name = " default-server " >
                < http-listener name = " default " socket-binding = " http " redirect-socket = " https " enable-http2 = " true " />
                < https-listener name = " https " socket-binding = " https " security-realm = " ApplicationRealm " enable-http2 = " true " />
                < host name = " default-host " alias = " localhost " >
                    < location name = " / " handler = " welcome-content " />
                    < filter-ref name = " server-header " />
                    < filter-ref name = " x-powered-by-header " />
                    **< filter-ref name = " gzipFilter " predicate = " regex[pattern='(?:application/javascript|text/css|text/html|text/plain)(;.*)?', value=%{o,Content-Type}, full-match=true] " />**
                </ host >
            </ server >
            < servlet-container name = " default " >
                < jsp-config />
                < websockets />
            </ servlet-container >
            < handlers >
                < file name = " welcome-content " path = " ${jboss.home.dir}/welcome-content " />
            </ handlers >
            < filters >
                < response-header name = " server-header " header-name = " Server " header-value = " WildFly/10 " />
                < response-header name = " x-powered-by-header " header-name = " X-Powered-By " header-value = " Undertow/1 " />
                **< gzip name = " gzipFilter " />**
            </ filters >
        </ subsystem >
        ...

運行Prankweb

設置JBoss Wildfly後，只需運行JBOSS_HOME/bin/standalone{.sh|.bat}即可複制ROOT.war文件結束JBOSS_HOME/standalone/deployments或運行gradle deploy命令啟動項目目錄。

要在沒有超級用戶權限的情況下運行端口80的服務器，請參見：https：//serverfault.com/questions/112795/how-end-end-run-a-a-server-port-on-port-80-as-a-as-a-a-normal-user-user-on-linux
Brifly：運行此命令END REROUTE sudo iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 8080 -port 8080

REST API

URI（統一資源標識符）遵循模式 / API / origin / type / id ，其中origin upload或id確定了原始PDB文件是由用戶上傳還是從數據庫下載。該type指示用戶請求的文件類型。最後， id是在上傳自定義PDB文件後服務器生成的PDB標識代碼或標識字符串。我們通過GET方法為每種上載的蛋白質或蛋白質上載的蛋白質或蛋白質的所有數據提供以下數據 - 括號中的類型是：