الصفحة الرئيسية>موارد بناء الموقع>بيانات الموقع
تنزيل
تحذير: تم إهمال هذا المستودع لصالح https://github.com/cusbg/prankweb! يرجى تقديم أي مشكلات هناك!

Prankweb

هذا المعادلية تحتوي على تطبيق الويب PrankWeb. في هذا الملف ، نوضح كيفية إعداد خادم PrankWeb ووصف API PrankWeb Rest.

الاعتمادات

شكراً جزيلاً لمؤلفي P2Rank و Litemol و Protael و Wildfly والعديد من المكتبات والأدوات الأخرى التي نستخدمها في هذا المشروع

كيفية تشغيل prankweb

بناء prankweb

تثبيت Node.js و Gradle (ستحتاج أيضًا إلى Java).

استنساخ هذا المستودع بما في ذلك جميع النسيجية الفرعية: 

git clone --recursive https://github.com/jendelel/PrankWebApp.git

الآن ، يمكنك بناء prankweb باستخدام هذا الأمر: 

./gradlew clean war

سيؤدي ذلك إلى تجميع جميع العوامل الفرعية وإنشاء ملف root.war في دليل Build/LIBS.

تكوين prankweb

في الواقع ، Run PrankWeb Server ، ستحتاج إلى تنزيل وتفريغ خادم تطبيق JBoss Wildfly من http://wildfly.org/downloads/ وإعداد Envirnment متغير JBOSS_HOME إلى مسار Wildfly.

يتطلب PrankWeb مسارات إلى الدلائل التي يتم فيها تخزين الملفات التي تم تحميلها وما إلى ذلك. يتم تخزين كل شيء في الدليل ، وسوف نسميها PrankData . يحتوي هذا الدليل على ملف prankweb.properties ، الذي يحتوي على جميع المسارات والتكوينات اللازمة. يحتوي الملف على أزواج (المفتاح والقيمة). يجب عليك إعداد الخصائص التالية:

  • prank.installdir مسار إلى دليل توزيعات p2rank (مطلوب لتشغيل p2rank).
  • database.pdb مسار إلى قاعدة بيانات PDB المحلية (انظر http://www.rcsb.org/pdb/static.do؟p=download/ftp/index.html كيفية التنزيل).
  • database.csv مسار إلى نتائج p2rank مسبقا وعشرات الحفظ لقاعدة بيانات PDB.
  • TOPLOADS.PDB PATH إلى الدليل حيث يتم تخزين ملفات المستخدم PDB التي تم تحميلها.
  • uploads.csv مسار إلى الدليل حيث يتم تخزين النتائج التي تم تحليلها لملفات المستخدم PDB (بما في ذلك ملفات الحفظ).
  • Conservation.HSSP PATH إلى قاعدة بيانات HSSP المحلية (انظر http://swift.cmbi.ru.nl/gv/hssp/ كيفية التنزيل).
  • Conservation.script to executible يحسب درجة الحفظ (يرجى الاطلاع على: https://github.com/jendelel/calc_protein_conservation).

يمكنك أيضًا تحديد:

  • Queue.Size وهو حجم قائمة انتظار التحليلات (كل من P2Rank وخط أنابيب الحفظ).
  • pool.coresize وهو عدد التحليلات التي يمكن أن تعمل في وقت واحد.
  • pool.maxSize وهو عدد التحليلات التي يمكن أن تعمل في وقت واحد إذا كانت قائمة الانتظار ممتلئة.

نوصي بتخزين جميع البيانات في دليل PrankData . قم بإنشاء رابط رمزي في jboss_home/standalone/data/prankweb يشير إلى دليل prankdata باستخدام هذه الأوامر:

Windows: 

 cd /d %JBOSS_HOME% s tandalone d ata
mklink /D PrankWeb {path to PrankData directory}

لينكس: 

 cd $JBOSS_HOME /standalone/data
ln -s -d {path to PrankData directory} PrankWeb

نظرًا لأن الخادم يعمل P2Rank داخليًا ، يرجى زيادة حد الذاكرة في $JBOSS_HOME/bin/standalone.conf على linux أو %JBOSS_HOME%/bin/standalone.conf.bat 

      JAVA_OPTS= " -Xms64m -Xmx1024m -XX:MetaspaceSize=96M -XX:MaxMetaspaceSize=256m -Djava.net.preferIPv4Stack=true "

تمكين ضغط GZIP (اختياري)

لتمكين ضغط GZIP لخادم الويب ، أضف هذين الأسطرين التاليين المميزين بإنشاءين إلى $JBOSS_HOME/standalone/configuration/standalone.xml file: 

        ...
        < subsystem xmlns = " urn:jboss:domain:undertow:3.1 " >
            < buffer-cache name = " default " />
            < server name = " default-server " >
                < http-listener name = " default " socket-binding = " http " redirect-socket = " https " enable-http2 = " true " />
                < https-listener name = " https " socket-binding = " https " security-realm = " ApplicationRealm " enable-http2 = " true " />
                < host name = " default-host " alias = " localhost " >
                    < location name = " / " handler = " welcome-content " />
                    < filter-ref name = " server-header " />
                    < filter-ref name = " x-powered-by-header " />
                    **< filter-ref name = " gzipFilter " predicate = " regex[pattern='(?:application/javascript|text/css|text/html|text/plain)(;.*)?', value=%{o,Content-Type}, full-match=true] " />**
                </ host >
            </ server >
            < servlet-container name = " default " >
                < jsp-config />
                < websockets />
            </ servlet-container >
            < handlers >
                < file name = " welcome-content " path = " ${jboss.home.dir}/welcome-content " />
            </ handlers >
            < filters >
                < response-header name = " server-header " header-name = " Server " header-value = " WildFly/10 " />
                < response-header name = " x-powered-by-header " header-name = " X-Powered-By " header-value = " Undertow/1 " />
                **< gzip name = " gzipFilter " />**
            </ filters >
        </ subsystem >
        ...

تشغيل PrankWeb

بعد إعداد jboss wildfly ، ما عليك سوى تشغيل JBOSS_HOME/bin/standalone{.sh|.bat} ونسخ نهاية ملف ROOT.war JBOSS_HOME/standalone/deployments أو تشغيل أمر gradle deploy .

لتشغيل الخادم على المنفذ 80 بدون حقوق مستخدم فائقة ، يرجى الاطلاع على: https://serverfault.com/questions/112795/how-end-run-a-server-on-port-80-as-a-normal-user-on-linux
brifly: قم بتشغيل هذا الأمر end end port 8080 end 80: sudo iptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 8080

استراحة API

اتبع URIs (معرفات الموارد الموحدة) النمط / API / origin / type / id ، حيث يكون origin إما upload أو id يحدد ما إذا كان ملف PDB الأصلي قد تم تحميله بواسطة المستخدم أو تنزيله من بنك البيانات. يشير type إلى نوع الملف الذي طلبه المستخدم. أخيرًا ، id هو إما رمز تعريف PDB أو سلسلة التعريف التي تم إنشاؤها بواسطة الخادم بعد تحميل ملف PDB مخصص. نحن نخدم جميع البيانات التالية لكل بروتين أو بروتين تم تحميله من بنك بيانات البروتين (PDB) عبر طريقة GET - يتم ذكر النوع بين قوسين:

  • ملف PDB ( pdb ) - الملف الأصلي الذي يصف البروتين المستلم من مستخدم أو من قاعدة البيانات
  • محاذاة تسلسل متعددة ( msa ) - محاذاة تسلسل متعددة (MSA) لكل سلسلة من البروتين.
  • درجات الحفظ ( hom ) - درجات الحفظ المحسوبة من كل ملف MSA.
  • ملف التنبؤ P2Rank ( csv ) - ملف JSON (تدوين كائن JavaScript) الذي تم إنشاؤه بواسطة P2Rank يحتوي على نتائج التنبؤ.
  • تسلسل ( seq ) - ملف JSON مع تسلسل البروتين وعشرات الحفظ.
  • تصور Pymol ( vis ) - P2Rank يولد أيضًا نصًا Pymol لتصور غير متصل.
  • ملف الحزمة ( all ) - ملف مضغوط يحتوي على جميع الملفات المذكورة أعلاه. يمكن أيضًا إرسال ملف البروتين المخصص للتحليل من خلال طلب البريد.

URI هو: /analyze/file_upload . يجب أن يقوم الطلب بتشفير ملف PDB باستخدام معرف PDBFile ، و doconservation المنطقي يشير إلى ما إذا كان ينبغي حساب درجات الحفظ. اختياريا ، يمكن تضمين ملفات PDBID أو MSA التي تنتهي مع .fasta لتسريع التحليل. يحتوي الرد من الخادم على رمز التعريف الذي تم إنشاؤه والذي يمكن استخدامه لمزيد من الطلبات.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل