scib reproducibility

scIB-Reproduzierbarkeit

Dieses Repository enthält ergänzenden Code zur Reproduktion der im Single-Cell-Integration-Benchmarking-Papier vorgestellten Analysen. Weitere Teile des scIB-Projekts finden Sie in diesen Repositories:

• scIB-Paket
• scIB-Pipeline
• In der Studie verwendete Daten

Einige ergänzende Ergebnisse können auf der Ergebnis-Website unter https://theislab.github.io/scib-reproducibility eingesehen werden.

Verzeichnisstruktur

• data/ – Datendateien mit Benchmarking-Ergebnissen, die zur Erstellung von Zahlen und der Ergebnis-Website verwendet werden
• docs/ – Die Website mit gerenderten Ergebnissen
• notebooks/ – Jupyter-Notebooks zur Vorbereitung von Bewertungsdatensätzen und -metriken
• scripts/ – Zusätzlicher Analysecode
• visualization/ - Code zum Generieren von Zahlen und Visualisierungen
• website/ – Code zum Generieren der Ergebnis-Website