BioPal

Biopal

Biopal（V0.3）是一種生物信息學工具包，旨在處理FastA序列文件。該工具提供了多種功能，例如分解FASTA文件，計算蛋白質參數，從NCBI查詢分類信息等等。它使用tkinter庫提供一個用戶友好的圖形接口，以簡化文件輸入和功能選擇。

特徵

1. Split FastA文件：將FASTA文件分為多個較小的文件，每個文件最多99個序列。有時需要郵政郵政。

2. 標題簡歷：將長標頭恢復到較短的標準化（例如，基於NCBI格式的有機體名稱[organism=...] ），並輸出CSV映射原始和新標頭。它提供了一個新的FASTA文件，上面有新的短標頭和序列，以及一個帶有“舊”和“新/短”標題名稱的CSV文件，用於足夠的序列跟踪。

3. Protparam計算器：類似於Expasy的Protparam工具，執行各種蛋白質特性（例如，分子量，等電點等）的大量計算，並將結果輸出到CSV文件中。注意：此程序忽略所有序列中的“ X”字符以執行無錯誤的計算。返回帶有結果的CSV文件。到目前為止，此功能仍然是硬編碼的，並且用戶無法更改程序的輸出。

4. 折疊索引計算器：查詢FASTA文件中每個序列的proteopedia折疊索引工具，並將每個序列的折疊索引輸出到CSV文件中。

5. 分類群：查詢分類信息（分類，命令，班級，家庭）中的生物中的生物（需要在標題中存在[organism=...] ），並將結果寫入CSV文件。

6. Microsintenic Retriever ：從從NCBI的數據集集合下載的FASTA文件共同基因開始，它解析數據並找到圍繞感興趣基因的20 kbp的GFF3數據。在可讀的CSV文件中描述數據，非常適合進化分析。

7. 幫助菜單：提供工具功能的描述。

8. 出口：安全關閉應用程序。程序不容納路徑/文件信息。

要求

此工具需要安裝以下Python庫：

• 圖形用戶界面的tkinter 。
• 用於解析FASTA文件和檢索分類信息的biopython 。
• requests和json查詢諸如Proteopedia和NCBI之類的在線數據庫。

您可以使用以下方式安裝必要的依賴項

pip install biopython requests

安裝

1. 克隆存儲庫：

git clone https://github.com/SilicoGoBrr/BioPal.git
cd BioPal

2. 安裝依賴項：

pip install -r requirements.txt

3. 運行程序：

python biopal.py

如何使用

1. 選擇輸入文件：單擊“選擇輸入文件”按鈕以選擇您的fasta文件。

2. 選擇一個操作：

   • 拆分FastA文件。
   • 簡歷標題。
   • 計算蛋白質參數。
   • 計算折疊索引。
   • 檢索分類信息（分類鼠標）。
   • 檢索微智能信息。

3. 結果將與輸入文件相同的目錄保存，並根據執行的操作提供適當的文件名。

分類群：Entrez API配置

Taxa Sage功能使用NCBI的Entrez API檢索分類數據。為此，您需要按照NCBI的Entrez API指定您的電子郵件地址。

在代碼中，找到以下行：

 Entrez . email = ""  # Add your email here

用您的有效電子郵件地址替換：

 Entrez . email = "[email protected]"

對於Entrez API請求正常工作是必要的。

已知問題

• 限制速率：NCBI Entrez API可能會施加速率限制。為了避免使用速率限制，該工具在使用Taxa Sage功能時會引入API請求之間的短延遲。

• FASTA格式要求：輸入FASTA文件必須包含[organism=...]的分類鼠鼠標函數的標籤，才能正常工作。

免責聲明

該計劃的“原樣”提供了任何保證或擔保。使用它自己的風險。某些功能可能需要有效的Internet連接。