BioPal

Biopal

Biopal（V0.3）是一种生物信息学工具包，旨在处理FastA序列文件。该工具提供了多种功能，例如分解FASTA文件，计算蛋白质参数，从NCBI查询分类信息等等。它使用tkinter库提供一个用户友好的图形接口，以简化文件输入和功能选择。

特征

1. Split FastA文件：将FASTA文件分为多个较小的文件，每个文件最多99个序列。有时需要邮政邮政。

2. 标题简历：将长标头恢复到较短的标准化（例如，基于NCBI格式的有机体名称[organism=...] ），并输出CSV映射原始和新标头。它提供了一个新的FASTA文件，上面有新的短标头和序列，以及一个带有“旧”和“新/短”标题名称的CSV文件，用于足够的序列跟踪。

3. Protparam计算器：类似于Expasy的Protparam工具，执行各种蛋白质特性（例如，分子量，等电点等）的大量计算，并将结果输出到CSV文件中。注意：此程序忽略所有序列中的“ X”字符以执行无错误的计算。返回带有结果的CSV文件。到目前为止，此功能仍然是硬编码的，并且用户无法更改程序的输出。

4. 折叠索引计算器：查询FASTA文件中每个序列的proteopedia折叠索引工具，并将每个序列的折叠索引输出到CSV文件中。

5. 分类群：查询分类信息（分类，命令，班级，家庭）中的生物中的生物（需要在标题中存在[organism=...] ），并将结果写入CSV文件。

6. Microsintenic Retriever ：从从NCBI的数据集集合下载的FASTA文件共同基因开始，它解析数据并找到围绕感兴趣基因的20 kbp的GFF3数据。在可读的CSV文件中描述数据，非常适合进化分析。

7. 帮助菜单：提供工具功能的描述。

8. 出口：安全关闭应用程序。程序不容纳路径/文件信息。

要求

此工具需要安装以下Python库：

• 图形用户界面的tkinter 。
• 用于解析FASTA文件和检索分类信息的biopython 。
• requests和json查询诸如Proteopedia和NCBI之类的在线数据库。

您可以使用以下方式安装必要的依赖项

pip install biopython requests

安装

1. 克隆存储库：

git clone https://github.com/SilicoGoBrr/BioPal.git
cd BioPal

2. 安装依赖项：

pip install -r requirements.txt

3. 运行程序：

python biopal.py

如何使用

1. 选择输入文件：单击“选择输入文件”按钮以选择您的fasta文件。

2. 选择一个操作：

   • 拆分FastA文件。
   • 简历标题。
   • 计算蛋白质参数。
   • 计算折叠索引。
   • 检索分类信息（分类鼠标）。
   • 检索微智能信息。

3. 结果将与输入文件相同的目录保存，并根据执行的操作提供适当的文件名。

分类群：Entrez API配置

Taxa Sage功能使用NCBI的Entrez API检索分类数据。为此，您需要按照NCBI的Entrez API指定您的电子邮件地址。

在代码中，找到以下行：

 Entrez . email = ""  # Add your email here

用您的有效电子邮件地址替换：

 Entrez . email = "[email protected]"

对于Entrez API请求正常工作是必要的。

已知问题

• 限制速率：NCBI Entrez API可能会施加速率限制。为了避免使用速率限制，该工具在使用Taxa Sage功能时会引入API请求之间的短延迟。

• FASTA格式要求：输入FASTA文件必须包含[organism=...]的分类鼠鼠标函数的标签，才能正常工作。

免责声明

该计划的“原样”提供了任何保证或担保。使用它自己的风险。某些功能可能需要有效的Internet连接。