الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

بيوبال

Biopal (v0.3) هي مجموعة أدوات المعلوماتية الحيوية مصممة لمعالجة ملفات تسلسل fasta. توفر الأداة العديد من الوظائف مثل تقسيم ملفات fasta ، وحساب معلمات البروتين ، والاستعلام عن معلومات التصنيفية من NCBI ، وأكثر من ذلك بكثير. يستخدم مكتبة tkinter لتوفير واجهة رسومية سهلة الاستخدام لإدخال ملفات ووظيفة سهلة.

سمات

  1. تقسيم ملف fasta : يقسم ملف fasta إلى ملفات أصغر متعددة بحد أقصى 99 تسلسل لكل ملف. مطلوب في بعض الأحيان ل post prorocessing.

  2. استئناف الرأس : يستأنف الرؤوس الطويلة إلى رؤوس أقصر وموحدة (على سبيل المثال ، استنادًا إلى اسم الكائن الحي من تنسيق NCBI [organism=...] ) ويؤدي إلى رسم خرائط CSV للرؤوس الأصلية والجديدة. يوفر كلا من ملف FASTA جديد مع رؤوس قصيرة جديدة وتسلسلات ، وملف CSV مع كل من أسماء الرأس "القديمة" و "جديدة/قصيرة" للتتبع الكافي للتسلسلات.

  3. حاسبة Protparam : تقوم بحسابات كبيرة لخصائص البروتين المختلفة (على سبيل المثال ، الوزن الجزيئي ، النقطة الإلكترونية ، إلخ) على غرار أداة Protparam الخاصة بـ Expasy وتخرج النتائج في ملف CSV. ملاحظة: يتجاهل هذا البرنامج أحرف "X" في جميع التسلسلات لإجراء الحسابات دون أخطاء. إرجاع ملف CSV مع النتائج. حتى الآن ، لا تزال هذه الميزة مرمزة صلابة ، ولا يمكن للمستخدم تغيير إخراج البرنامج.

  4. Fold Index Calculator : الاستعلامات أداة فهرس ProteOpedia لكل تسلسل في ملف FASTA وإخراج فهرس طية كل تسلسل إلى ملف CSV.

  5. SAGE SAGE : الاستفسارات معلومات التصنيفية (القسم ، الطلب ، الفصل ، الأسرة) للكائنات الحية في ملف FASTA (يتطلب وجود [organism=...] في الرأس) ويكتب النتائج إلى ملف CSV.

  6. Microsintenic Retriever : بدءًا من جينات Conating Fileda التي تم تنزيلها من مجموعات مجموعات بيانات NCBI ، فإنه يوسع البيانات ويجد بيانات GFF3 من 20 كيلو بايت حول جينات الاهتمام. يصور البيانات في ملف CSV قابل للقراءة ، وهو أمر رائع للتحليل التطوري.

  7. قائمة المساعدة : توفر وصفًا لوظائف الأداة.

  8. الخروج : يغلق التطبيق بأمان. البرنامج لا يحتفظ بمعلومات المسار/الملف.

متطلبات

تتطلب هذه الأداة تثبيت مكتبات Python التالية:

  • tkinter لواجهة المستخدم الرسومية.
  • biopython لتحليل ملفات fasta واسترداد المعلومات التصنيفية.
  • requests و json للاستعلام عن قواعد بيانات عبر الإنترنت مثل Proteopedia و NCBI.

يمكنك تثبيت التبعيات اللازمة باستخدام: 

pip install biopython requests

تثبيت

  1. استنساخ المستودع: 
git clone https://github.com/SilicoGoBrr/BioPal.git
cd BioPal
  1. تثبيت التبعيات: 
pip install -r requirements.txt
  1. تشغيل البرنامج: 
python biopal.py

كيفية استخدام

  1. حدد ملف الإدخال : انقر فوق الزر "تحديد إدخال ملف" لاختيار ملف fasta الخاص بك.

  2. اختر عملية :

    • تقسيم ملف fasta.
    • الرؤوس استئناف.
    • حساب معلمات البروتين.
    • حساب فهرس أضعاف.
    • استرداد المعلومات التصنيفية (SAGE SAGE).
    • استرداد المعلومات microsintenic.

  3. سيتم حفظ النتائج في نفس الدليل مثل ملف الإدخال ، مع أسماء الملفات المناسبة بناءً على العملية التي تم تنفيذها.

SAGE SAGE: تكوين API Entrez

تستخدم ميزة Taxa Sage واجهة برمجة تطبيقات Entrez من NCBI لاسترداد بيانات التصنيفية. لهذا ، تحتاج إلى تحديد عنوان بريدك الإلكتروني ، كما هو مطلوب من قبل API من NCBI.

في الكود ، حدد موقع السطر التالي: 

 Entrez . email = ""  # Add your email here

استبدله بعنوان بريدك الإلكتروني الصحيح: 

 Entrez . email = "[email protected]"

هذه الخطوة ضرورية لطلبات API Entrez للعمل بشكل صحيح.

القضايا المعروفة

  • الحد من الأسعار : قد تفرض API NCBI Entrez حدود المعدل. لتجنب أن تكون محدودًا للمعدل ، تقدم الأداة تأخيرًا قصيرًا بين طلبات API عند استخدام ميزة SAGE SAGE.

  • متطلبات تنسيق fasta : يجب أن يحتوي ملف الإدخال fasta على [organism=...] علامات لوظيفة SAGE SAGE للعمل بشكل صحيح.

تنصل

يتم توفير هذا البرنامج "كما هو" دون أي ضمانات أو ضمانات. استخدمه على مسؤوليتك الخاصة. قد تتطلب بعض الميزات اتصال إنترنت نشط.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل