BioPal

Биопал

Biopal (V0.3) - это инструментарий биоинформатики, предназначенный для обработки файлов последовательности FASTA. Инструмент предоставляет несколько функциональных возможностей, таких как разделение файлов FASTA, расчет параметров белка, запрос таксономической информации от NCBI и многое другое. Он использует библиотеку tkinter для предоставления удобного графического интерфейса для удобного ввода файла и выбора функций.

Функции

1. Сплит файл FASTA : разбивает файл FASTA на несколько меньших файлов с максимум 99 последовательностей на файл. Иногда требуется для Post Prrocessing.

2. Заголовок Resumer : возобновляется длинные заголовки в более короткие, стандартизированные (например, на основе названия организма из формата NCBI [organism=...] ) и выводит CSV, отображающий оригинальные и новые заголовки. Он предоставляет как новый файл FASTA с новыми короткими заголовками, так и с последовательностями, так и файл CSV с «старыми» и «новыми/короткими» именами заголовков для адекватного отслеживания последовательностей.

3. Калькулятор POTPARAM : выполняет объемные расчеты различных свойств белка (например, молекулярная масса, изоэлектрическая точка и т. Д.), Подобно инструменту Expasy ProtParam и выводит результаты в файл CSV. Примечание. Эта программа игнорирует символы «x» во всех последовательностях для выполнения расчетов без ошибок. Возвращает файл CSV с результатами. До сих пор эта функция по-прежнему жестко кодируется, и пользователь не может изменить вывод программы.

4. Калькулятор индекса складывания : запрашивает инструмент индекса Proteopedia Fold для каждой последовательности в файле FASTA и выводит индекс сгиба каждой последовательности в файл CSV.

5. SAXAS SAGE : Запросы таксономической информации (разделение, порядок, класс, семья) для организмов в файле FASTA (требует наличия [organism=...] в заголовке) и записывает результаты в файл CSV.

6. Microsintenic Retriever : начиная с конитизированных генов Fasta, загруженных из коллекций наборов данных NCBI, он анализирует данные и находит данные GFF3 о 20 кбиплентражах, окружающих гены, представляющие интерес. Описывает данные в читаемом файле CSV, отлично подходит для эволюционного анализа.

7. Меню справки : предоставляет описание функциональных возможностей инструмента.

8. Выход : безопасно закрывает приложение. Программа не содержит информацию о пути/файле.

Требования

Этот инструмент требует установки следующих библиотек Python:

• tkinter для графического интерфейса пользователя.
• biopython для анализа файлов FASTA и получения таксономической информации.
• requests и json для запроса онлайн -баз данных, таких как Proteopedia и NCBI.

Вы можете установить необходимые зависимости, используя:

pip install biopython requests

Установка

1. Клонировать репозиторий:

git clone https://github.com/SilicoGoBrr/BioPal.git
cd BioPal

2. Установите зависимости:

pip install -r requirements.txt

3. Запустите программу:

python biopal.py

Как использовать

1. Выберите «Входной файл» : нажмите кнопку «Выберите« Входной файл », чтобы выбрать файл FASTA.

2. Выберите операцию :

   • Разделите файл FASTA.
   • Резюме заголовки.
   • Рассчитайте параметры белка.
   • Рассчитайте индекс сгиба.
   • Получить таксономическую информацию (мудрец таксонов).
   • Получить микросинтенную информацию.

3. Результаты будут сохранены в том же каталоге, что и входной файл, с соответствующими именами файлов на основе выполненной операции.

Мудрец таксонов: конфигурация API Entrez

Функция Taxa Sage использует API NCBI Entrez для извлечения таксономических данных. Для этого вам необходимо указать свой адрес электронной почты, как того требует API NCBI Entrez.

В коде найдите следующую строку:

 Entrez . email = ""  # Add your email here

Замените его на свой действительный адрес электронной почты:

 Entrez . email = "[email protected]"

Этот шаг необходим для запросов API Entrez для правильной работы.

Известные проблемы

• Ограничение скорости : API NCBI Entrez может наложить ограничения скорости. Чтобы избежать ограничения ставки, инструмент вводит короткую задержку между запросами API при использовании функции SAMAS SAGE.

• Требования к формату FASTA : входной файл FASTA должен содержать теги [organism=...] для функции мудреца таксонов для правильной работы.

Отказ от ответственности

Эта программа предоставляется «как есть» без каких -либо гарантий или гарантий. Используйте его на свой собственный риск. Некоторые функции могут потребовать активного подключения к Интернету.