spfy

spfy : แพลตฟอร์มสำหรับการทำนายชนิดย่อยจากลำดับจีโนมทั้งหมดของ E.coli และสร้างข้อมูลกราฟสำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบทั่วทั้งประชากร

เผยแพร่ในชื่อ: Le,KK, Whiteside,MD, Hopkins,JE, Gannon,VPJ, Laing,CR spfy : ฐานข้อมูลกราฟแบบรวมสำหรับการทำนายฟีโนไทป์ของแบคทีเรียแบบเรียลไทม์และการวิเคราะห์เปรียบเทียบขั้นปลายน้ำ ฐานข้อมูล (2561) ฉบับที่. 2018: รหัสบทความ bay086; ดอย:10.1093/ฐานข้อมูล/bay086

สด: https://lfz.corefacility.ca/superphy/spfy/

ใช้:

1. ติดตั้ง Docker (& Docker-Compose แยกต่างหากหากคุณใช้ Linux ลิงก์) ผู้ใช้ mac/windows มี Compose ที่มาพร้อมกับ Docker Engine
2. git clone --recursive https://github.com/superphy/spfy.git
3. cd spfy /
4. docker-compose up
5. เข้าไปที่ http://localhost:8090
6. กินเค้กมั้ย?

สถานะการสร้างโมดูลย่อย:

ECTประเภท:

แพนพรีดิก:

ภาพนักเทียบท่าสำหรับ Conda:

สถิติ:

เปรียบเทียบกลุ่มประชากรที่แตกต่างกัน:

รันไทม์ของโมดูลการพิมพ์ย่อย:

CLI: สร้างไฟล์กราฟ:

• หากคุณต้องการสร้างเฉพาะกราฟ rdf (ต่อเนื่องเป็นไฟล์เต่า):

1. ขั้นแรกให้ติดตั้ง miniconda และเปิดใช้งานสภาพแวดล้อมจาก https://raw.githubusercontent.com/superphy/docker-flask-conda/master/app/environment.yml
2. cd ลงในโฟลเดอร์แอป (โดยที่คนทำงาน RQ มักจะเรียกใช้): cd app/
3. เรียกใช้ savvy.py เช่นนั้น: python -m modules/savvy -i tests/ecoli/GCA_001894495.1_ASM189449v1_genomic.fna โดยที่อาร์กิวเมนต์หลัง -i คือไฟล์จีโนมของคุณ (FASTA)

CLI: สร้างอภิปรัชญา:

Ontology สำหรับ spfy มีอยู่ที่: https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master/app/scripts/spfy_ontology.ttl มันถูกสร้างขึ้นโดยใช้ https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master /app/scripts/generate_ontology.py พร้อมฟังก์ชั่นที่ใช้ร่วมกันจากโค้ดแบ็กเอนด์ของ spfy หากคุณต้องการรัน ให้ทำ: 1. cd app/ 2. python -m scripts/generate_ontology ซึ่งจะใส่ ontology ใน app/

คุณสามารถสร้างไดอะแกรมสวยๆ จากไฟล์ .ttl โดยใช้ http://www.visualdataweb.de/webvowl/

CLI: จัดคิวงานการพิมพ์ย่อยโดยไม่มี Reactapp:

บันทึก

ขณะนี้ตั้งค่าสำหรับไฟล์ .fna เท่านั้น

คุณสามารถข้ามเว็บไซต์ส่วนหน้าและยังคงจัดคิวงานพิมพ์ย่อยได้โดย:

1. ขั้นแรก ติดตั้งไดเร็กทอรีโฮสต์ด้วยไฟล์จีโนมทั้งหมดของคุณไปที่ /datastore ในคอนเทนเนอร์

ตัวอย่างเช่น หากคุณเก็บไฟล์ไว้ที่ /home/bob/ecoli-genomes/ คุณจะต้องแก้ไขไฟล์ docker-compose.yml และแทนที่:

 volumes :
- /datastore

กับ:

 volumes :
- /home/bob/ecoli-genomes:/datastore

2. จากนั้นลบองค์ประกอบนักเทียบท่าของคุณ (หากใช้งานได้) แล้วรีสตาร์ท

docker-compose down
docker-compose up -d

3. วางและเชลล์ลงในคอนเทนเนอร์ของเว็บเซิร์ฟเวอร์ของคุณ (แม้ว่าคอนเทนเนอร์ของผู้ปฏิบัติงานก็จะทำงานเช่นกัน) แล้วเรียกใช้สคริปต์

docker exec -it backend_webserver_1 sh
python -m scripts/sideload
exit

โปรดทราบว่าอาจมีการสร้างการออกซ้ำในโฟลเดอร์จีโนมของคุณ

สถาปัตยกรรม:

ท่าเรือหรือ Imag e	พอร์ตส	ชื่อ ส	คำอธิบาย
แบ็คเอนด์-rq	80/ตันซีพี, 443/ทีซีพี	แบ็คเอนด์_wor ker_1	คิวและคนงานหลัก
แบ็คเอนด์- rq-b laze grap h	80/ตันซีพี, 443/ทีซีพี	back end_wor ker- blaz egra ph-i ds_ 1	อัตรายีน spfy ID ในมือนี้สำหรับฐานข้อมูล blaz egra ph
ด้านหลัง	0.0. 0.0: 8000 ->80 /tcp , 443/ TCP	ด้านหลัง end_web -ngi nx-u wsgi _1	flas k back end ซึ่งมือของคุณทำหน้าที่ les enqu euei ng job s
super rphy /bla zegr aph: 2.1. 4 นิ้ว ncin g	0.0. 0.0: 8080 ->80 80/ตันซีพี	แบ็คเอนด์_bla zegr aph_1	ฐานข้อมูล Blaz egra ph
เรดิเอส:3. 2	6379 /ทีซีพี	แบ็คเอนด์_เรดคือ_ 1	ฐานข้อมูลของ Redi
รีแอค แทป	0.0. 0.0: 8090 ->50 00/ตันซีพี	แบ็คเอนด์_rea ctap p_1	ด้านหน้า t-en d ถึง spfy

รายละเอียดเพิ่มเติม:

อิมเมจ superphy/backend-rq:2.0.0 สามารถปรับขนาดได้ : คุณสามารถสร้างอินสแตนซ์ได้มากเท่าที่คุณต้องการ/มีพลังในการประมวลผล รูปภาพมีหน้าที่ฟังคิว multiples (พนักงาน 12 คน) ซึ่งจัดการงานส่วนใหญ่รวมถึงการเรียก RGI นอกจากนี้ยังฟังคิว singles (ผู้ปฏิบัติงาน 1 คน) ซึ่งรัน ECTyper สิ่งนี้เกิดขึ้นเนื่องจาก RGI เป็นส่วนที่ช้าที่สุดของสมการ การจัดการผู้ปฏิบัติงานได้รับการจัดการโดย supervisor

อิมเมจ superphy/backend-rq-blazegraph:2.0.0 ไม่สามารถปรับขนาดได้ โดยมีหน้าที่ในการสืบค้นฐานข้อมูล Blazegraph สำหรับรายการที่ซ้ำกัน และสำหรับการกำหนด spfy ID ตาม ลำดับ ฟังก์ชั่นต่างๆ จะถูกเก็บไว้ให้น้อยที่สุดเท่าที่จะทำได้เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพ (เนื่องจากการสร้าง ID ถือเป็นปัญหาคอขวดในไปป์ไลน์แบบขนาน) การเปรียบเทียบทำได้โดยแฮช sha1 ของไฟล์ที่ส่งมา ส่วนไฟล์ที่ไม่ซ้ำกันจะมีรหัสสำรองไว้โดยการเชื่อมโยงรหัส spfy ที่สร้างขึ้นเข้ากับแฮชของไฟล์ การจัดการผู้ปฏิบัติงานได้รับการจัดการโดย supervisor

superphy/backend:2.0.0 ซึ่งรันจุดสิ้นสุด Flask ใช้ supervisor เพื่อจัดการกระบวนการภายใน: nginx , uWsgi

เบลซกราฟ:

• ขณะนี้เรากำลังใช้งาน Blazegraph เวอร์ชัน 2.1.4 หากคุณต้องการใช้งาน Blazegraph แยกกัน โปรดใช้เวอร์ชันเดียวกัน มิฉะนั้นอาจเกิดปัญหากับ URL ปลายทาง / การส่งคืน (ได้แก่ เวอร์ชัน 2.1.1) ดู #63 หรือแก้ไขจุดสิ้นสุดตาม database['blazegraph_url'] ใน /app/config.py

มีส่วนร่วม:

ขั้นตอนที่จำเป็นในการเพิ่มโมดูลใหม่ได้รับการบันทึกไว้ในคู่มือนักพัฒนา