spfy

spfy : Platform untuk memprediksi subtipe dari seluruh rangkaian genom E.coli, dan membuat data grafik untuk analisis komparatif seluruh populasi.

Diterbitkan sebagai: Le,KK, Whiteside,MD, Hopkins,JE, Gannon,VPJ, Laing,CR spfy : database grafik terintegrasi untuk prediksi fenotipe bakteri secara real-time dan analisis komparatif hilir. Basis Data (2018) Jil. 2018: ID artikel bay086; doi:10.1093/database/bay086

Langsung: https://lfz.corefacility.ca/superphy/spfy/

Menggunakan:

1. Instal Docker (& Docker-Compose secara terpisah jika Anda menggunakan Linux, tautan). pengguna mac/windows memiliki Compose yang dibundel dengan Docker Engine.
2. git clone --recursive https://github.com/superphy/spfy.git
3. cd spfy /
4. docker-compose up
5. Kunjungi http://localhost:8090
6. Makan kue?

Status Pembuatan Submodul:

ECTyper:

PanPredik:

Gambar Docker untuk Conda:

Statistik:

Membandingkan kelompok populasi yang berbeda:

Runtime modul subtipe:

CLI: Hasilkan File Grafik:

• Jika Anda hanya ingin membuat grafik rdf (diserialkan sebagai file turtle):

1. Pertama instal miniconda dan aktifkan lingkungan dari https://raw.githubusercontent.com/superphy/docker-flask-conda/master/app/environment.yml
2. cd ke dalam folder app (tempat pekerja RQ biasanya dijalankan): cd app/
3. Jalankan savvy.py seperti ini: python -m modules/savvy -i tests/ecoli/GCA_001894495.1_ASM189449v1_genomic.fna dimana argumen setelah -i adalah file genom Anda (FASTA).

CLI: Hasilkan Ontologi:

Ontologi untuk spfy tersedia di: https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master/app/scripts/spfy_ontology.ttl Itu dibuat menggunakan https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master /app/scripts/generate_ontology.py dengan fungsi bersama dari kode backend spfy . Jika Anda ingin menjalankannya, lakukan: 1. cd app/ 2. python -m scripts/generate_ontology yang akan menempatkan ontologi di app/

Anda dapat membuat diagram cantik dari file .ttl menggunakan http://www.visualdataweb.de/webvowl/

CLI: Enqueue Tugas Subtipe tanpa Reactapp:

Catatan

saat ini disiapkan hanya untuk file .fna

Anda dapat melewati situs web front-end dan tetap mengantrekan pekerjaan subtipe dengan:

1. Pertama, pasang direktori host dengan semua file genom Anda ke /datastore di dalam container.

Misalnya, jika Anda menyimpan file di /home/bob/ecoli-genomes/ , Anda akan mengedit file docker-compose.yml dan mengganti:

 volumes :
- /datastore

dengan:

 volumes :
- /home/bob/ecoli-genomes:/datastore

2. Kemudian hapus komposisi buruh pelabuhan Anda (jika sudah aktif) dan mulai ulang

docker-compose down
docker-compose up -d

3. Jatuhkan dan masukkan ke dalam wadah server web Anda (meskipun wadah pekerja juga dapat berfungsi) dan jalankan skrip.

docker exec -it backend_webserver_1 sh
python -m scripts/sideload
exit

Perhatikan bahwa pembayaran ulang mungkin dibuat di folder genom Anda.

Arsitektur:

Dermaga adalah Gambar e	Pelabuhan s	Nama s	Keterangan
bagian belakang- rq	80/t cp, 443/ tcp	back end_wor ker_1	pekerja antrian redi utama
bagian belakang- rq-b laze grap h	80/t cp, 443/ tcp	back end_wor ker- blaz egra ph-i ds_ 1	tangan ini memberikan rasio gen ID spfy untuk basis data blaz egra ph
ujung belakang	0,0. 0,0: 8000 ->80 /tcp , 443/ tcp	kembali end_web -ngi nx-u wsgi _1	bagian belakang labu yang menangani tugas-tugas yang membingungkan
supe rphy /bla zegr aph: 2.1. 4-in fer ncin g	0,0. 0,0: 8080 ->80 80/ton cp	ujung belakang_bla zegr aph_1	Basis data Blaz egra ph
redi s:3. 2	6379 /tcp	ujung belakang_merah adalah_ 1	Basis data Redi
reaksi tapp	0,0. 0,0: 8090 ->50 00/ton cp	kembali end_rea ctap p_1	depan t-en d ke spfy

Detail Lebih Lanjut:

Gambar superphy/backend-rq:2.0.0 dapat diskalakan : Anda dapat membuat instance sebanyak yang Anda butuhkan/memiliki kekuatan pemrosesan. Gambar bertanggung jawab untuk mendengarkan antrian multiples (12 pekerja) yang menangani sebagian besar tugas, termasuk panggilan RGI . Ia juga mendengarkan antrian singles (1 pekerja) yang menjalankan ECTyper . Hal ini dilakukan karena RGI adalah bagian paling lambat dari persamaan. Manajemen pekerja ditangani oleh supervisor .

Gambar superphy/backend-rq-blazegraph:2.0.0 tidak dapat diskalakan: gambar ini bertanggung jawab untuk menanyakan database Blazegraph untuk entri duplikat dan untuk menetapkan ID spfy secara berurutan . Fungsinya dijaga seminimal mungkin untuk meningkatkan kinerja (karena pembuatan ID adalah satu-satunya hambatan dalam saluran pipa paralel); perbandingan dilakukan dengan hash sha1 dari file yang dikirimkan dan ID non-duplikat dicadangkan dengan menghubungkan ID spfy yang dihasilkan ke hash file. Manajemen pekerja ditangani oleh supervisor .

superphy/backend:2.0.0 yang menjalankan endpoint Flask menggunakan supervisor untuk mengelola proses dalam: nginx , uWsgi .

grafik api:

• Kami sedang menjalankan Blazegraph versi 2.1.4. Jika Anda ingin menjalankan Blazegraph secara terpisah, silakan gunakan versi yang sama jika tidak, mungkin ada masalah pada url/pengembalian titik akhir (yaitu versi 2.1.1). Lihat #63 Alternatifnya, ubah titik akhir sesuai dengan database['blazegraph_url'] di /app/config.py

Berkontribusi:

Langkah-langkah yang diperlukan untuk menambahkan modul baru didokumentasikan dalam Panduan Pengembang.