VARUS

Varus：RNA-seqライブラリから多様なサンプルを描画します

Varusはもともと、Mario Stankeが監督した学士号としてWilly Bruhnによって書かれていました。このリポジトリは、2018年11月に作成されたhttps://github.com/willybruhn/varusのコピーであり、多くのバグフィックス、インクリメンタルなイントロンデータベース機能、およびHisat al Alternativeアライメントプログラムを使用するための拡張機能を含んでいます。

Varusは、遺伝子フィンダートレーニングとゲノム注釈を目的として、多くの遺伝子の十分に高いカバーをターゲットにする、NCBIのシーケンス読み取りアーカイブ（SRA）から限られた数のRNA-SEQ読み取りの選択とダウンロードを自動化します。オンラインアルゴリズムの各反復

• 以前にダウンロードされた読み取りを補完することが期待されるダウンロードに実行を選択する
• fastq-dumpを使用して実行から読み取り（「バッチ」）のサンプルをダウンロードします
• 読み取りを星またはhisatに合わせます
• アライメントを評価します

インストール

Linux

リポジトリをクローンするために、コマンドラインから次のコマンドを呼び出します。

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

varusは依存します

• Samtools、
• bamtools、ubuntuにsudo apt-get install bamtools libbamtools-devでインストール
• fastq-dump and
• Starまたはhisat2（Hisat 2、バージョン2.0.0ベータでテスト）

Varusを手動でコンパイルします

 cd Implementation
make

NCBIキャッシュを無効にします

デフォルトでは、NCBIツールfastq-dumpデータがダウンロードされている実行ファイルと同じサイズの~/ncbiの下に一時ファイルを作成します。おそらくほとんどのユーザーにとってハードドライブスペースが多すぎるこのキャッシュ動作を無効にします

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

はじめる

例

ディレクトリのexampleに変更し、例/readmeの指示に従ってください。

Varusを実行します

ファイルVARUSparameters.txtサンプルフォルダーからワーキングディレクトリにコピーし、必要に応じて調整します。

最も重要なパラメーター：

- バッチサイズ各反復でダウンロードする読み取りの数を指定します（例：50000または200000）

-MaxBatchesはせいぜい数のバッチをダウンロードする必要があるかを指定します

最終出力は、 varus.bamと呼ばれるソートされたスプライスされたアライメントファイル（すべてバッチを一緒にバッチ）です。

参照

引用してください：varus：サンプリング補完的なRNA読み取りは、シーケンス読み取りアーカイブから読み取ります。 2019; BMC Bioinformatics 、20：558

PAG2019のヴァラス

学士論文

/docs /論文のvarusに対応するウィリーブルーンの学士論文を見つけます。