VARUS
1.0.0
Varus fue escrito originalmente por Willy Bruhn como una tesis de licenciatura supervisada por Mario Stanke. Este repositorio es una copia de https://github.com/willybruhn/varus realizada en noviembre de 2018 y contiene muchas correcciones de errores, una función de base de datos de intrones incremental y una extensión para usar el programa de alineación alternativa.
Varus automatiza la selección y descarga de un número limitado de lecturas de ARN-seq de At NCBI's Sequence Read Archive (SRA) dirigida a una cobertura suficientemente alta para muchos genes con el propósito de entrenamiento de reverso y anotación del genoma. Cada iteración del algoritmo en línea
Invoca el siguiente comando desde la línea de comandos para clonar el repositorio:
git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.gitVarus depende de
sudo apt-get install bamtools libbamtools-devCompilar varus manualmente con
cd Implementation
make
De manera predeterminada, la herramienta NCBI fastq-dump crea archivos temporales en ~/ncbi del mismo tamaño que el archivo Ejecutar desde el cual se descargan los datos, incluso si solo se descarga una pequeña parte de la misma. Deshabilite este comportamiento de almacenamiento en caché que requiere probablemente demasiado espacio de disco duro para la mayoría de los usuarios con
mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg
Cambie al example de directorio y siga las instrucciones en Ejemplo/ReadMe.
Copie el archivo VARUSparameters.txt desde la carpeta de ejemplo a su directorio de trabajo y ajustelo si es necesario:
Parámetros más importantes:
-BatchSize especifica cuántas lecturas se deben descargar en cada iteración (por ejemplo, 50000 o 200000)
-Maxbatches especifica cuántos lotes se deben descargar como máximo
La salida final es un archivo de alineación empalmado ordenado (todos los lotes juntos) llamado varus.bam .
Por favor cita: Varus: muestreo de lecturas de ARN complementario del archivo de lectura de secuencia. 2019; BMC Bioinformatics , 20: 558
Encuentre la tesis de solteros de Willy Bruhn correspondiente a Varus in /Docs /tesis.
