VARUS

VARUS: Zeichnen verschiedener Proben aus RNA-Seq-Bibliotheken

Varus wurde ursprünglich von Willy Bruhn als Bachelor -These geschrieben, die von Mario Stanke beaufsichtigt wurde. Dieses Repository ist eine Kopie von https://github.com/willybruhn/varus, die im November 2018 hergestellt wurde und viele Bugfixes, eine inkrementelle Intron -Datenbankfunktion und eine Erweiterung für die Verwendung des HISAT -Al -Alternativen -Alignment -Programms enthält.

Varus automatisiert die Auswahl und den Download einer begrenzten Anzahl von RNA-Seq-Lesevorgängen aus der NCBI-Sequenz-Read-Archiv (SRA), die für viele Gene für das Gen-Finder-Training und die Genomannotation eine ausreichend hohe Abdeckung abzielen. Jede Iteration des Online -Algorithmus

• Wählt einen Lauf zum Download aus, der voraussichtlich zuvor heruntergeladene Lesevorgänge ergänzt wird
• Laden Sie ein Beispiel von Lesevorgängen ("Batch") aus dem Lauf mit Fastq-Dump herunter
• richtet die Lesungen mit Stern oder Hisat aus
• bewertet die Ausrichtung

INSTALLATION

Linux

Rufen Sie den folgenden Befehl aus der Befehlszeile auf, um das Repository zu klonen:

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

Varus hängt davon ab

• samtools,
• BAMTOOLS, Installieren Sie auf Ubuntu mit sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
• Fastq-Dump und
• Star oder Hisat2 (getestet mit Hisat 2, Version 2.0.0-Beta)

Varus manuell miteinander kompilieren mit

 cd Implementation
make

Deaktivieren Sie den NCBI -Cache

Standardmäßig erstellt das NCBI-Tool fastq-dump temporäre Dateien unter ~/ncbi mit derselben Größe wie die Auslaufdatei, aus der Daten heruntergeladen werden, auch wenn nur ein kleiner Teil davon heruntergeladen wird. Deaktivieren Sie dieses Caching -Verhalten, das für die meisten Benutzer mit wahrscheinlich zu viel Festplattenraum erfordert

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

Erste Schritte

Beispiel

Wechseln Sie zum example und befolgen Sie die Anweisungen in Beispiel/Readme.

Laufen Varus

Kopieren Sie die Datei VARUSparameters.txt aus dem Beispielordner in Ihr Arbeitsverzeichnis und passen Sie sie gegebenenfalls an:

Wichtigste Parameter:

-BatchSize gibt an, wie viele Lesevorgänge in jeder Iteration heruntergeladen werden sollten (z. B. 50000 oder 200000).

--Maxbatches gibt an, wie viele Chargen höchstens heruntergeladen werden sollen

Die endgültige Ausgabe ist eine sortierte Spleißausrichtungsdatei (alle Stapel zusammen) namens varus.bam .

Referenzen

Bitte zitieren Sie: Varus: Probenahme komplementäre RNA liest aus dem Archiv der Sequenz -Lese -Archiv. 2019; BMC Bioinformatics , 20: 558

Varus bei PAG2019

Junggesellenarbeit

Finden Sie die Bachelor -These von Willy Bruhn, der Varus in /docs /These entspricht.