VARUS

Varus: Menggambar beragam sampel dari perpustakaan RNA-seq

Varus awalnya ditulis oleh Willy Bruhn sebagai tesis sarjana yang diawasi oleh Mario Stanke. Repositori ini adalah salinan https://github.com/willybruhn/varus yang dibuat pada November 2018 dan berisi banyak perbaikan bug, fitur database intron tambahan dan ekstensi untuk menggunakan program penyelarasan alternatif hisat al.

Varus mengotomatiskan pemilihan dan pengunduhan sejumlah terbatas RNA-seq yang dibaca dari AT di NCBI's Urutan Read Archive (SRA) yang menargetkan cakupan yang cukup tinggi untuk banyak gen untuk tujuan pelatihan pembuat gen dan anotasi genom. Setiap iterasi dari algoritma online

• Memilih Run To Download yang diharapkan untuk melengkapi pembacaan yang diunduh sebelumnya
• Unduh sampel bacaan ("batch") dari lari dengan fastq-dump
• Menyelaraskan bacaan dengan bintang atau hisat
• mengevaluasi penyelarasan

INSTALASI

Linux

Ambil perintah berikut dari baris perintah untuk mengkloning repositori:

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

Varus tergantung pada

• samtools,
• bamtools, instal di ubuntu dengan sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
• fastq-dump dan
• Bintang atau Hisat2 (diuji dengan Hisat 2, versi 2.0.0-beta)

Mengkompilasi varus secara manual dengan

 cd Implementation
make

Nonaktifkan cache NCBI

Secara default alat NCBI fastq-dump membuat file sementara di bawah ~/ncbi dengan ukuran yang sama dengan file run dari mana data diunduh, bahkan jika hanya sebagian kecil daripadanya diunduh. Nonaktifkan perilaku caching ini yang mungkin membutuhkan ruang hard drive yang mungkin terlalu banyak bagi sebagian besar pengguna

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

Memulai

Contoh

Ubah ke example direktori dan ikuti instruksi dalam contoh/readme.

Menjalankan varus

Salin file VARUSparameters.txt dari folder contoh ke direktori kerja Anda dan sesuaikan jika perlu:

Parameter terpenting:

-Batchsize Menentukan berapa banyak bacaan yang harus diunduh di setiap iterasi (misalnya 50000 atau 200000)

--MaxBatches Menentukan berapa banyak batch yang harus diunduh paling banyak

Output akhir adalah file alignment yang diselesaikan (semua batch bersama -sama) yang disebut varus.bam .

Referensi

Harap CITE: VARUS: Pengambilan sampel RNA komplementer dibaca dari arsip baca urutan. 2019; BMC Bioinformatics , 20: 558

Varus di PAG2019

Tesis Sarjana

Temukan tesis Sarjana Willy Bruhn yang sesuai dengan Varus in /Docs /tesis.