pre_post_synthesis

Sintesis MRI payudara sebelum kontras pasca kontras untuk meningkatkan segmentasi tumor

Dalam SPIE Medical Imaging 2024.

Memulai

Dataset Duke yang digunakan dalam penelitian ini tersedia di Cancer Imaging Archive (TCIA).

Anda mungkin menemukan beberapa contoh file nifti sintetis dalam sintesis/contoh.

Kode sintesis

• Konfigurasi untuk menjalankan pelatihan model sintesis gambar.
• Konfigurasi untuk menjalankan uji model sintesis gambar.
• Kode untuk mengubah file Duke Dicom ke file nifti.
• Kode untuk mengekstrak PNG 2D dari file NIFTI 3D.
• Kode untuk membuat file nifti 3D dari png aksial 2D.
• Kode untuk memisahkan pelatihan sintesis dan kasus uji.
• Kode untuk menghitung metrik kualitas gambar seperti SSIM, MSE, LPIP, dan banyak lagi.
• Kode untuk menghitung jarak awal frèchet (FID) berdasarkan Imagenet dan Radimagenet.

Kode Segmentasi

• Kode untuk menyiapkan kasus payudara tunggal 3D untuk segmentasi nnunet.
• Tes kereta api dari dataset segmentasi.
• Skrip untuk menjalankan pipa nnunet lengkap pada dataset Duke.

Jalankan model

Bobot model disimpan di Zenodo dan tersedia melalui Perpustakaan Medigan.

Untuk membuat data pasca kontras Anda sendiri, cukup jalankan:

pip install medigan

 # import medigan and initialize Generators
from medigan import Generators
generators = Generators ()

# generate 10 samples with model 23 (00023_PIX2PIXHD_BREAST_DCEMRI). 
# Also, auto-install required model dependencies.
generators . generate ( model_id = '00023_PIX2PIXHD_BREAST_DCEMRI' , num_samples = 10 , install_dependencies = True )

Referensi

Harap pertimbangkan mengutip pekerjaan kami jika Anda merasa berguna untuk penelitian Anda:

 @article { osuala2023pre ,
  title = { {Pre-to Post-Contrast Breast MRI Synthesis for Enhanced Tumour Segmentation} } ,
  author = { Osuala, Richard and Joshi, Smriti and Tsirikoglou, Apostolia and Garrucho, Lidia and Pinaya, Walter HL and Diaz, Oliver and Lekadir, Karim } ,
  journal = { arXiv preprint arXiv:2311.10879 } ,
  year = { 2023 }
  }

Ucapan Terima Kasih

Repositori ini meminjam kode dari pix2pixhd dan repositori nnunet. Masker segmentasi tumor 254 yang digunakan dalam penelitian ini disediakan oleh Caballo et al.