pre_post_synthesis

تخليق التصوير بالرنين المغناطيسي للثدي بعد التباين

في Spie Medical Imaging 2024.

ابدء

تتوفر مجموعة بيانات Duke المستخدمة في هذه الدراسة على أرشيف تصوير السرطان (TCIA).

قد تجد بعض الأمثلة على ملفات NIFTI الاصطناعية في التوليف/الأمثلة.

رمز التوليف

• تكوين لتشغيل تدريب نموذج تخليق الصور.
• تكوين لتشغيل اختبار نموذج تخليق الصور.
• رمز لتحويل ملفات Duke Dicom إلى ملفات NIFTI.
• رمز لاستخراج PNGs 2D من ملفات NIFTI 3D.
• رمز لإنشاء ملفات NIFTI ثلاثية الأبعاد من PNG 2D المحوري.
• رمز لفصل حالات التدريب واختبار التوليف.
• رمز لحساب مقاييس جودة الصورة مثل SSIM و MSE و LPIPs والمزيد.
• رمز لحساب مسافة تأسيس Frèchet (FID) استنادًا إلى ImageNet و Radimagenet.

رمز التجزئة

• رمز لإعداد حالات الثدي الفردية ثلاثية الأبعاد لتجزئة nnunet.
• اختبارات القطار من مجموعة بيانات التجزئة.
• البرنامج النصي لتشغيل خط أنابيب NNUnet الكامل على مجموعة بيانات Duke.

تشغيل النموذج

يتم تخزين الأوزان النموذجية على Zenodo وإتاحتها عبر مكتبة Medigan.

لإنشاء بيانات ما بعد التباين الخاصة بك ، ما عليك سوى تشغيل:

pip install medigan

 # import medigan and initialize Generators
from medigan import Generators
generators = Generators ()

# generate 10 samples with model 23 (00023_PIX2PIXHD_BREAST_DCEMRI). 
# Also, auto-install required model dependencies.
generators . generate ( model_id = '00023_PIX2PIXHD_BREAST_DCEMRI' , num_samples = 10 , install_dependencies = True )

مرجع

يرجى التفكير في الاستشهاد بعملنا إذا وجدت أنه مفيد لبحثك:

 @article { osuala2023pre ,
  title = { {Pre-to Post-Contrast Breast MRI Synthesis for Enhanced Tumour Segmentation} } ,
  author = { Osuala, Richard and Joshi, Smriti and Tsirikoglou, Apostolia and Garrucho, Lidia and Pinaya, Walter HL and Diaz, Oliver and Lekadir, Karim } ,
  journal = { arXiv preprint arXiv:2311.10879 } ,
  year = { 2023 }
  }

شكر وتقدير

يقترض هذا المستودع رمز من PIX2PIXHD ومستودعات NNUNET. تم توفير أقنعة تجزئة الورم 254 المستخدمة في هذه الدراسة بواسطة Caballo et al.