Transmart Core API เป็นไลบรารีที่มีอินเทอร์เฟซ groovy ที่กำหนดปฏิสัมพันธ์และการโทรระหว่างส่วนประกอบต่าง ๆ ของ TransMART
เพื่ออำนวยความสะดวกในการสื่อสารกับทรัพยากรข้อมูลทางคลินิกที่มีลักษณะคล้าย I2B2 และ I2B2 นั้นมีการกำหนด API สองตัวซึ่งเป็นไปตามปรัชญาการออกแบบที่อยู่เบื้องหลัง I2B2 และคล้ายกับการจัดการ Ontology I2B2 (ONT) และ Data Repository (CRC) Restful API
มีการกำหนดแนวคิดที่กำหนดไว้ซึ่งสามารถนำไปใช้โดยแหล่งข้อมูลทางคลินิกเพื่อเปิดเผยต้นไม้อภิปรัชญาด้วยแนวคิด ดูเอกสารการส่งข้อความ I2B2 ONT สำหรับข้อมูลพื้นหลังเพิ่มเติม มีการกำหนดสายเพียงไม่กี่สายที่เกิดขึ้นในการใช้งาน codebase transmart แบบดั้งเดิม
มีการกำหนดแบบสอบถามซึ่งสามารถเปิดเผยได้โดยแหล่งข้อมูลทางคลินิกเป็นวิธีการสอบถามข้อมูลทางคลินิก ทรัพยากรนี้เปิดเผยวิธีการเรียกใช้การสืบค้นและดึงผลลัพธ์การสืบค้น API ถูกสร้างแบบจำลองหลังจากข้อความค้นหา CRC I2B2 CRC API
DataQueryResource ถูกกำหนดซึ่งสามารถเปิดเผยได้โดยแหล่งข้อมูลขนาดสูงเพื่อให้สามารถสอบถามข้อมูลมิติที่สูงได้ dataQueryResult ถูกกำหนดซึ่งสามารถขยายได้สำหรับชนิดข้อมูลเฉพาะ สำหรับตอนนี้ประเภทข้อมูล OMICS ทั้งหมด (ภายในแพ็คเกจเฉพาะ) รวมถึงการสืบค้นที่เป็นไปได้ถูกกำหนดไว้ในโครงการ Core API ในการจำลองข้อ จำกัด การสืบค้นทั่วไป (เช่นในวิชาหรือ timepoints) คลาส CommonHighDimensionAlQueryConstraints ถูกกำหนดไว้ซึ่งสามารถฝังลงในคลาสข้อ จำกัด เฉพาะ