transmart core api

TransMart Core API 는 트랜스 마트의 다양한 구성 요소 간의 상호 작용과 호출을 정의하는 그루비 인터페이스가있는 라이브러리입니다.

임상 데이터 API

I2B2 기반 쿼리 도구

I2B2 및 I2B2와 같은 임상 데이터 자원과의 통신을 용이하게하기 위해, I2B2 뒤의 설계 철학을 따르고 I2B2 온톨로지 관리 (ONT) 및 데이터 리포지토리 (CRC)와 비슷한 두 개의 API가 정의되어 있습니다.

임상 데이터 온톨로지 API

임상 데이터 소스에서 구현하여 개념이있는 온톨로지 트리를 노출시킬 수있는 개념이 정의됩니다. 더 많은 배경 정보는 I2B2 ONT 메시징 문서를 참조하십시오. 레거시 트랜스 마트 코드베이스에서 사용되는 통화는 몇 개만 정의됩니다.

임상 데이터 쿼리 API

임상 데이터 소스에 의해 임상 데이터를 쿼리하는 수단으로 노출 될 수있는 쿼리리스 소스가 정의됩니다. 이 리소스는 쿼리를 실행하고 쿼리 결과를 검색하는 방법을 노출시킵니다. API는 I2B2 CRC 쿼리 메시지 API 후에 모델링됩니다.

높은 차원 데이터 API

높은 차원 쿼리 API

높은 차원의 데이터 소스에 의해 노출 될 수있는 DataQueryResource가 정의되어 높은 차원 데이터의 쿼리를 허용합니다. 특정 데이터 유형에 대해 확장 될 수있는 일반적인 DataQueryResult가 정의됩니다. 현재 모든 OMICS 데이터 유형 (내부 특정 패키지) 및 가능한 쿼리는 Core API 프로젝트 내부에 정의됩니다. 일반 쿼리 제약 조건 (예 : 피험자 또는 시점)을 모델링하려면 특정 제한 조건 클래스에 포함될 수있는 CommonHighdimensionalQueryConstraints 클래스가 정의됩니다.