transmart core api

Transmart Core API adalah perpustakaan dengan antarmuka groovy yang menentukan interaksi dan panggilan antara berbagai komponen transmart.

API Data Klinis

Alat kueri berbasis I2B2

Untuk memfasilitasi komunikasi dengan sumber data klinis seperti I2B2 dan I2B2, dua API didefinisikan yang mengikuti filosofi desain di balik I2B2 dan menyerupai Manajemen Ontologi I2B2 (ONT) dan Repositori Data (CRC) RESTFUL API.

API Ontologi Data Klinis

KonsepsResource didefinisikan yang dapat diimplementasikan oleh sumber data klinis untuk mengekspos pohon ontologi dengan konsep. Lihat dokumentasi perpesanan I2B2 ONT untuk informasi latar belakang yang lebih banyak. Hanya beberapa panggilan yang didefinisikan, yang kebetulan digunakan dalam basis kode transmart lama.

API Kueri Data Klinis

Sebuah QueriesResource didefinisikan yang dapat diekspos oleh sumber data klinis sebagai sarana untuk meminta data klinis. Sumber daya ini memaparkan metode untuk menjalankan kueri dan mengambil hasil kueri. API dimodelkan setelah API pesan kueri I2B2 CRC.

API Data Dimensi Tinggi

API kueri dimensi tinggi

DataQueryResource didefinisikan yang dapat diekspos oleh sumber data dimensi tinggi untuk memungkinkan permintaan data dimensi tinggi. DataqueryResult umum didefinisikan yang dapat diperpanjang untuk tipe data tertentu. Untuk saat ini, semua tipe data OMICS (di dalam paket tertentu) serta kemungkinan kueri didefinisikan di dalam proyek API inti. Untuk memodelkan kendala kueri umum (misalnya pada subjek atau titik waktu), kelas CommonhighdimensionalQueryConstraints didefinisikan yang dapat tertanam ke dalam kelas kendala tertentu.