brainways

脳道

Brainwaysとは何ですか？

Brainwaysは、冠状スライスの蛍光に基づく脳全体の活動ネットワークの自動登録、定量化、および生成のためのAIベースのツールです。

なぜ脳道？

冠状のスライス登録、細胞の定量化、および実験条件間の全脳脳のコントラスト分析は、プログラミングの経験を必要とせずに、単一のソフトウェアから簡単にアクセスできるようにする必要があります。非常に柔軟なPythonicバックエンドを持つことにより、カスタマイズを簡単にする必要があります。

はじめる

Brainwaysをインストールして実行するには、Python環境で以下を実行します。

pip install brainways
brainways ui

詳細については、入門ガイドをフォローしてください。

それがどのように機能するか

Brainwaysを使用すると、ユーザーはいくつかの簡単な手順に従って統計的コントラスト分析を登録、定量化、および提供できます。

1. 3Dアトラスへの冠状スライスの剛性登録。
2. 3Dアトラスへの冠状スライスの非剛性登録。取得手順における個人の違いと欠陥を説明します。
3. 細胞検出（スターディストを使用）。
4. 脳領域ごとの細胞数の定量化。
5. 統計分析：
   • ANOVAコントラスト分析。
   • PLS（部分的最小二乗）分析。
   • ネットワークグラフの作成。

建築

Brainwaysは3つのモジュールとして実装されています。 brainways.uiには、GUI実装がNapariプラグインとして含まれています。 brainways.uiは、 brainwaysバックエンドとして使用しています。すべての機能は、Brainwaysパッケージに実装されています。この分離は、BrainwaysがGui-Ingosticソフトウェアであることを保証するために行われ、Pythonコードを介して完全にアクセスして操作して、カスタムの複雑な使用シナリオを許可することができます。自動登録モデルのトレーニング、評価、実行に使用されたコードはbrainways-reg-modelにあります。

開発状況

Brainwaysは、イスラエルのテルアビブ大学Bartal LabのBen Kantorによって積極的に開発されています。私たちのリリースはここにあります。

引用

Brainwaysを使用している場合は、Kantor and Bartal（2023）を引用してください。

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}

ライセンス

GNU GPL v3.0ライセンスの条件に基づいて配布される「Brainways」は無料でオープンソースソフトウェアです

問題

問題が発生した場合は、詳細な説明とともに問題を提出してください。