Unduh brainways - Unduh Kode Sumber brainways

brainways

Kode sumber lainnya

v0.1.15

Unduh

Jalanceways

Apa itu Bainways?

Brainways adalah alat berbasis AI untuk pendaftaran otomatis, kuantifikasi dan generasi jaringan aktivitas di seluruh otak berdasarkan fluoresensi dalam irisan koronal.

Ui otak

Mengapa Brainways?

Pendaftaran slice koronal, kuantifikasi sel dan analisis kontras seluruh otak antara kondisi eksperimental harus dibuat mudah diakses dari satu perangkat lunak, tanpa memerlukan pengalaman pemrograman. Kustomisasi harus menjadi mudah dengan memiliki backend pythonic yang sangat fleksibel.

Memulai

Untuk memasang dan menjalankan otak, jalankan yang berikut di lingkungan Python Anda:

pip install brainways
brainways ui

Ikuti panduan memulai kami untuk lebih jelasnya.

Cara kerjanya

Brainways memungkinkan pengguna untuk mendaftar, mengukur, dan memberikan analisis kontras statistik dengan mengikuti beberapa langkah sederhana:

Pendaftaran kaku irisan koronal ke atlas 3D.
Registrasi irisan koronal yang tidak kaku ke atlas 3D, untuk memperhitungkan perbedaan individu dan ketidaksempurnaan dalam prosedur akuisisi.
Deteksi sel (menggunakan stardist).
Kuantifikasi jumlah sel per wilayah otak.
Analisis Statistik:
- Analisis Kontras ANOVA.
- Analisis pls (parsial least square).
- Pembuatan Grafik Jaringan.

Arsitektur

Brainways diimplementasikan sebagai tiga modul. brainways.ui berisi implementasi GUI sebagai plugin Napari. brainways.ui menggunakan brainways sebagai backend. Semua fungsionalitas diimplementasikan dalam paket Brainways. Pemisahan ini dilakukan untuk menjamin bahwa Brainways adalah perangkat lunak gui-agnostik, dan dapat diakses sepenuhnya dan dimanipulasi melalui kode Python untuk memungkinkan skenario penggunaan kompleks khusus. Kode yang digunakan untuk melatih, mengevaluasi, dan menjalankan model pendaftaran otomatis berada di brainways-reg-model .

Status pengembangan

Brainways sedang dikembangkan secara aktif oleh Ben Kantor dari Bartal Lab, Tel Aviv University, Israel. Rilis kami dapat ditemukan di sini.

Kutipan

Jika Anda menggunakan Brainways, silakan kutip Kantor dan Bartal (2023):

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}