bsc thesis
Thesis & Slides
Pekerjaan tesis: filogeni persisten
Baru-baru ini, mempelajari model filogeni berbasis karakter yang memungkinkan hilangnya karakter yang diperoleh relevansi. Misalnya, dalam filogeni tumor, penghapusan seluruh daerah genom sering menyebabkan hilangnya mutasi (yang sebelumnya didapat).
Model filogeni persisten memecahkan ini dengan menggeneralisasi konsep filogeni sempurna, memungkinkan setiap karakter diperoleh dan hilang paling banyak satu kali selama peristiwa evolusi.
Kami memformalkan dan mengontekstualisasikan masalah ini, menggambarkan algoritma yang baru saja diperkenalkan untuk merekonstruksi pohon filogeni persisten mulai dari matriks biner, pemecahan pertama masalah ini dalam waktu polinomial.
Kami kemudian melanjutkan untuk mengimplementasikannya menggunakan bahasa C ++ dan meningkatkan pustaka, melengkapi studi dengan tes pada contoh yang melakukan atau tidak mengakui filogeni persisten, dan evaluasi kinerja.
