bsc thesis
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Thesearbeit: anhaltende Phylogenie
In jüngster Zeit untersuchten die charakterbasierten Phylogenie-Modelle, die den Verlust von Charakteren ermöglichen, Relevanz zu erlangen. In der Tumorphylogenie verursacht die Deletion ganzer genomischer Regionen häufig den Verlust von (zuvor erworbenen) Mutationen.
Das persistente Phylogeniemodell löst dies durch Verallgemeinerung des Konzepts der perfekten Phylogenie, wodurch jeder Charakter während der evolutionären Ereignisse in den meisten einmal erfasst und verloren wird.
Wir formalisieren und kontextualisieren dieses Problem und beschreiben einen kürzlich eingeführten Algorithmus zur Rekonstruktion eines anhaltenden Phylogeniebaums aus einer binären Matrix, wobei das erste Problem dieses Problems in der Polynomzeit löst.
Anschließend implementieren wir es mithilfe der C ++ - Sprache und stärken Bibliotheken und ergänzen die Studie mit Tests zu Instanzen, die eine anhaltende Phylogenie und Leistungsbewertung zugeben oder nicht.
