Text EGM

การตีความ electrograms intracardiac ผ่านการเป็นตัวแทนข้อความ

William Jongwon Han, Diana Gomez, Avi Alok, Chaojing Duan, Michael A. Rosenberg, Douglas Weber, Emerson Liu, Ding Zhao

รหัสอย่างเป็นทางการสำหรับ "การตีความอิเล็กโทรด intracardiac ผ่านการเป็นตัวแทนข้อความ" ยอมรับโดยการประชุมปี 2567 เกี่ยวกับสุขภาพการอนุมานและการเรียนรู้ (Chil)

หากคุณพบข้อบกพร่องใด ๆ หรือมีคำถามใด ๆ โปรดส่งปัญหาหรือติดต่อที่ Wjhan {ที่} Andrew {dot} cmu {dot} edu

เราขอขอบคุณ Mario Lemieux Center for Heart Rhyth Care ที่โรงพยาบาล Allegheny General ที่ให้การสนับสนุนงานนี้

ตั้งค่าสภาพแวดล้อม

หมายเหตุ: เราได้ทดสอบเฉพาะ Ubuntu 20.04.5 LTS

1. conda create -n envname python=3.8

2. conda activate envname

3. git clone https://github.com/willxxy/ekg-af.git

4. cd ekg-af

5. pip install torch==1.12.1+cu113 torchvision==0.13.1+cu113 torchaudio==0.12.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu113

หมายเหตุ: โปรดตรวจสอบให้แน่ใจว่า PIP ที่คุณใช้นั้นมาจากสภาพแวดล้อม conda

6. ทดสอบว่ารุ่น Pytorch เข้ากันได้กับ GPU ที่มีอยู่ในปัจจุบันโดยใช้งาน python gpu.py ปัจจุบันเราได้ทดสอบเฉพาะ A5000 (24 GB) และ A6000 (48 GB) NVIDIA GPU

7. pip install -r requirements.txt

ตั้งค่าข้อมูล

1. แม้ว่าข้อมูลที่เราดูแลไม่ได้เปิดเผยต่อสาธารณะ แต่เรามีผลการทดลองในชุดข้อมูลภายนอก (ผลลัพธ์หลักอยู่ในตารางที่ 2 ในกระดาษ) คือ "ฐานข้อมูล intracardiac atrial fibrillation" ที่มีอยู่ใน Physionet

2. ในการตั้งค่าข้อมูลนี้ cd ลงในโฟลเดอร์ preprocess

3. โปรดดำเนินการคำสั่งต่อไปนี้เพื่อดาวน์โหลดข้อมูล

 wget https://physionet.org/static/published-projects/iafdb/intracardiac-atrial-fibrillation-database-1.0.0.zip

4. เปิดซิปไฟล์โดยดำเนินการ

 unzip intracardiac-atrial-fibrillation-database-1.0.0

5. ตอนนี้ดำเนินการคำสั่ง folllowing เพื่อประมวลผลข้อมูลล่วงหน้า

 sh preprocess.sh

6. สิ่งนี้ควรสร้างโฟลเดอร์ข้อมูลที่มี .npy หลายแห่งสำหรับการฝึกอบรมการตรวจสอบและทดสอบ

เริ่มการฝึกอบรม

1. จาก cd ../ กลับไปที่ไดเรกทอรีหลัก

2. ตอนนี้คุณสามารถใช้ไฟล์ train.sh โดยตรงเพื่อเริ่มการฝึกอบรม

การอนุมาน

1. โปรดดำเนินการ sh inference.sh หลังการฝึกอบรม ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ระบุเส้นทางจุดตรวจสอบ

การแสดงภาพ

การสร้างภาพทั้งหมดจะถูกบันทึกภายใต้โฟลเดอร์จุดตรวจสอบที่เกี่ยวข้อง โปรด cd visualize ก่อนที่จะแสดงภาพ ภายใต้โฟลเดอร์ visualize โปรดดูสคริปต์ต่อไปนี้:

1. stitch.sh - แสดงให้เห็นถึงสัญญาณที่สร้างขึ้นใหม่และคาดการณ์

2. viz_tokens.sh - แสดงให้เห็นถึงการแสดงสัญญาณโทเค็น

3. viz_attentions.sh - แสดงภาพแผนที่ความสนใจของโมเดล

4. viz_int_grad.sh - แสดงให้เห็นถึงคะแนนการระบุแหล่งที่มาของโมเดล

การอ้างอิง

หากคุณพบที่เก็บนี้หรือทำงานเป็นประโยชน์กับของคุณเองโปรดอ้างอิง bibtex ต่อไปนี้

 @misc{han2024interpretation,
      title={Interpretation of Intracardiac Electrograms Through Textual Representations}, 
      author={William Jongwon Han and Diana Gomez and Avi Alok and Chaojing Duan and Michael A. Rosenberg and Douglas Weber and Emerson Liu and Ding Zhao},
      year={2024},
      eprint={2402.01115},
      archivePrefix={arXiv},
      primaryClass={cs.CL}
}