الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>كود الذكاء الاصطناعي
تنزيل

تفسير الكهربات الكهربية داخل القلب من خلال التمثيلات النصية

وليام جونغون هان ، ديانا جوميز ، آفي ألوك ، تشاجينج دوان ، مايكل أ. روزنبرغ ، دوغلاس ويبر ، إيمرسون ليو ، دينغ تشاو.

الكود الرسمي لـ "تفسير الكهرباء داخل القلب من خلال التمثيلات النصية" المقبولة بحلول عام 2024 مؤتمر حول الصحة والاستدلال والتعلم (CHIL).

إذا واجهت أي أخطاء أو لديك أي أسئلة ، فيرجى إرسال مشكلة أو الاتصال على WJHAN {at} Andrew {dot} CMU {dot} edu.

نشكر مركز Mario Lemieux لرعاية إيقاع القلب في مستشفى Allegheny العام لدعمه هذا العمل.

إعداد البيئة

ملاحظة: لقد اختبرنا فقط على Ubuntu 20.04.5 LTS.

  1. conda create -n envname python=3.8

  2. conda activate envname

  3. git clone https://github.com/willxxy/ekg-af.git

  4. cd ekg-af

  5. pip install torch==1.12.1+cu113 torchvision==0.13.1+cu113 torchaudio==0.12.1 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu113

ملاحظة: يرجى التأكد من أن PIP الذي تستخدمه هو من بيئة كوندا

  1. اختبار إذا كان إصدار Pytorch متوافقًا مع وحدات معالجة الرسومات الحالية المتاحة من خلال تنفيذ python gpu.py حاليًا ، اختبرنا فقط على A5000 (24 جيجابايت) و A6000 (48 جيجابايت) NVIDIA GPU.

  2. pip install -r requirements.txt

إعداد البيانات

  1. على الرغم من أن البيانات التي نظموها غير متوفرة للجمهور ، إلا أن لدينا نتائج تجريبية على مجموعة بيانات خارجية (النتائج الرئيسية موجودة في الجدول 2 في الورقة) ، وهي "قاعدة بيانات الرجفان الأذيني داخل القلب" المتوفرة على الفيزياء.

  2. لإعداد هذه البيانات ، cd في مجلد preprocess .

  3. يرجى تنفيذ الأمر التالي لتنزيل البيانات. 

 wget https://physionet.org/static/published-projects/iafdb/intracardiac-atrial-fibrillation-database-1.0.0.zip
  1. فك ضغط الملف من خلال التنفيذ 
 unzip intracardiac-atrial-fibrillation-database-1.0.0
  1. الآن قم بتنفيذ الأمر المرفق للمعالجة المسبقة للبيانات. 
 sh preprocess.sh
  1. يجب أن ينشئ هذا مجلد بيانات مع عدة .npy للتدريب والتحقق من الصحة والاختبار.

ابدأ التدريب

  1. من cd ../ العودة إلى الدليل الرئيسي.

  2. يمكنك الآن استخدام ملفات train.sh لبدء التدريب.

الاستدلال

  1. يرجى تنفيذ sh inference.sh بعد التدريب. تأكد من تحديد مسار نقطة التفتيش.

التصورات

سيتم حفظ جميع التصورات تحت مجلد نقطة التفتيش الخاصة بها. يرجى cd visualize قبل التصور. ضمن مجلد visualize ، يرجى عرض البرامج النصية التالية:

  1. stitch.sh - تصور الإشارات التي أعيد بناؤها ومتوقع.

  2. viz_tokens.sh - تصور التمثيل المميز للإشارة.

  3. viz_attentions.sh - تصور خريطة الانتباه للنموذج.

  4. viz_int_grad.sh - تصور درجات إسناد النموذج.

اقتباس

إذا وجدت هذا المستودع أو العمل مفيدًا لصالحك ، فيرجى الاستشهاد بـ bibtex التالي. 

 @misc{han2024interpretation,
      title={Interpretation of Intracardiac Electrograms Through Textual Representations}, 
      author={William Jongwon Han and Diana Gomez and Avi Alok and Chaojing Duan and Michael A. Rosenberg and Douglas Weber and Emerson Liu and Ding Zhao},
      year={2024},
      eprint={2402.01115},
      archivePrefix={arXiv},
      primaryClass={cs.CL}
}
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل