LiTS Liver Tumor Segmentation Challenge Download - LiTS Liver Tumor Segmentation Challenge Source Code Download

LiTS Liver Tumor Segmentation Challenge

ซอร์สโค้ดอื่น ๆ

1.0.0

ดาวน์โหลด

Imagesegentation ด้วย VNET3D

นี่คือตัวอย่างของเซ็กเมนต์ภาพ CT จาก LITS --- ตับ-การแบ่งแยก

การทำก่อน

จำเป็นต้องมีการพึ่งพาต่อไปนี้:

numpy> = 1.11.1
SimpleItk> = 1.0.1
OpenCv-Python> = 3.3.0
tensorflow-gpu == 1.8.0
แพนด้า> = 0.20.1
scikit-learn> = 0.17.1

วิธีใช้

(RE) นำไปใช้แบบจำลองด้วย tensorflow ในกระดาษของ "Milletari, F. , Navab, N. , & Ahmadi, SA (2016) V-Net: เครือข่ายประสาทแบบ convolutional สำหรับการแบ่งส่วนภาพการแพทย์ปริมาตร 3dv 2016"

1、 ประมวลผลล่วงหน้า

Lits Data of Image และ Mask เป็นไฟล์. nii ทุกประเภทเพื่อฝึกอบรมและ visulise แปลงไฟล์. nii เป็นไฟล์. bmp
การเตรียมข้อมูลตับฉันได้ลองใช้ขนาดแพตช์มากมายและในที่สุดก็ใช้แพตช์ (256,256,16) ถ้าคุณมี GPU ที่ดีกว่าคุณสามารถเปลี่ยน 16 เป็น 24 หรือ 32: เรียกใช้ getPatchimageandmask.py
การเตรียมข้อมูลเนื้องอกโดยใช้แพตช์ (256,256,16): เรียกใช้ getpatchimageandmask.py, ปิดการใช้งานบรรทัด gen_image_mask (srcimg, seg_liverimage, i, รูปร่าง = (16, 256, 256), numberxy = 5, numberz = 10) shape = (16, 256, 256), numberxy = 5, numberz = 10) และเปลี่ยน trainlivermask เป็น traintumormask
สุดท้ายบันทึกพา ธ โฟลเดอร์ข้อมูลทั้งหมดลงในไฟล์ CSV: เรียกใช้ utils.py

ไฟล์เช่นนี้:

g: data segmentation image/0_161

g: data segmentation image/0_162

g: data segmentation image/0_163

2、 การแบ่งส่วนตับและเนื้องอก

รุ่น VNET

ฝึกอบรมและทำนายในสคริปต์ของ vnet3d_train.py และ vnet3d_predict.py

3、 ดาวน์โหลดทรัพยากร

รูปแบบการแบ่งส่วนตับ, บันทึก, ข้อมูลทดสอบสามารถดาวน์โหลดได้ที่นี่: https: //pan.baidu.com/s/1ijk6bg3vzm4nhwz6s2yfiw, รหัสผ่าน： 74J5
ข้อมูล LITS มี 130 รายโดยใช้ 0-110 กรณี trainging และอื่น ๆ คือการทดสอบผลการทดสอบสามารถดาวน์โหลดได้ที่นี่: https: //pan.baidu.com/s/1a_-u7tjcn7riqnrlasqi4a รหัสผ่าน： 22ES
Lits Train and Test Source สามารถดาวน์โหลดได้ที่นี่: https: //pan.baidu.com/s/1-kxj7res4kq5ypitfmqxeg รหัสผ่าน： NLRD