Imagesegmentasi dengan vnet3d
Ini adalah contoh dari segmen gambar CT dari lits --- liver-tumor-segmentation-challenge 
Prasyarat
Diperlukan dependensi berikut:
- numpy> = 1.11.1
- SimpleItk> = 1.0.1
- opencv-python> = 3.3.0
- TensorFlow-GPU == 1.8.0
- panda> = 0,20.1
- scikit-learn> = 0.17.1
Cara menggunakan
(Re) mengimplementasikan model dengan TensorFlow di koran "Milletari, F., Navab, N., & Ahmadi, SA (2016) V-Net: Jaringan saraf yang sepenuhnya konvolusional untuk segmentasi gambar medis volumetrik.3DV 2016" "
1 、 preprocess
- Data gambar dan topeng adalah semua jenis file .nii, untuk melatih dan memuaskan, mengonversi file .nii ke file .bmp.
- Data hati mempersiapkan, saya telah mencoba banyak ukuran tambalan, dan akhirnya menggunakan tambalan (256.256,16), jika Anda memiliki GPU yang lebih baik, Anda dapat mengubah 16 menjadi 24 atau 32: jalankan getPatchimageandmask.py
- Data Tumor Mempersiapkan, Menggunakan Patch (256.256,16): Jalankan getPatchimageandmask.py, nonaktifkan garis gen_image_mask (srcimg, seg_liverimage, i, bentuk = (16, 256, 256), numberxy = 5, numberz = 10) dan enable line gen_image Gen_image, numberxy = 5, numberz = 10) dan enable The Line Gen_Mage Gen_image Gen_image, NumberXy = 5, NumberZ = 10) dan Enable The Line Gener Gen_Mage Gen_Mage Gen_MAGE GEN GEN_MAGE LINE GEN_MAGE LINE GEN_MAGE LINE GEN_MAGE LINE GEN_MAGE GEN LINE GEN_REEN GENER GEN GEN GEN GEN GEN LINE bentuk = (16, 256, 256), numberxy = 5, numberz = 10), dan ubah trainlivermask menjadi traintumormask
- Terakhir simpan semua jalur folder data ke dalam file CSV: Jalankan utils.py
File seperti ini:
G: Data Segmentasi Image/0_161
G: Data Segmentasi Image/0_162
G: Data Segmentasi Image/0_163
2 、 segmentasi hati dan tumor
- Latih dan prediksi dalam skrip vnet3d_train.py dan vnet3d_predict.py
3 、 Download Resource
- Model terlatih segmentasi hati, log, data uji dapat diunduh di sini: https: //pan.baidu.com/s/1ijk6bg3vzm4nhwz6s2yfiw, kata sandi ： 74j5
- Data lits memiliki 130 kasus, menggunakan trainging 0-110 case, dan lainnya adalah pengujian. Hasil uji dapat mengunduh di sini: https: //pan.baidu.com/s/1a_-u7tjcn7riqnrlasqi4a Kata sandi ： 22es
- Lits Train and Test Source Data dapat mengunduh di sini: https: //pan.baidu.com/s/1-kxj7res4kq5ypitfmqxeg Kata sandi ： NLRD
Hasil
Kerugian terlatih 
Hasil segmen hati
Papan peringkat hati 
Hasil segmentasi kasus uji dapat melihat dalam file 35.mp4,38.mp4 dan 51.mp4
Kolonel pertama adalah srcimage, col kedua adalah gambar topeng groundtruth, col ketiga adalah gambar segmentasi vnet 
Lesion Leaderboard 
Kontak
